Церковь в селе Меньшой Колодезь впервые упоминается в 16 веке. До конца 17 века приход назывался Большим Колодезем, с церковью в селении этого имени (ныне деревня Большой Колодезь). При правительнице Софьи Алексеевне село подвергалось нападению и разорению от стрельцов. Храм был сожжен или разрушен, а жители, спасая свою жизнь, вынуждены были бежать в лесные места соседней деревни Меньшой Колодезь. На старое пепелище они уже не возвращались, построили здесь церковь и образовали приход Меньшого Колодезя.
Первый деревянный храм в селе Меньшом Колодезе, неизвестно когда сгорел. Вместо него в конце 18 века построен каменный храм во имя св. великомученицы Праскевы Пятницы. В 1902 году отдельно от главного храма, с южной стороны, на средства прихожан выстроена теплая каменная церковь с престолом в честь св. Иоанна Предтечи.
В 1917 году священника арестовали, а храмы закрыли. В 1948 году храм Праскевы Пятницы взорвали. Из храма Иоанна Предтечи сделали амбулаторию, просуществовавшую до конца 80-х годов прошлого столетия. Когда развалился колхоз, амбулаторию закрыли, и долгие годы здание зарастало бурьяном, осыпалось.
Именно сохранившийся храм Иоанна Предтечи в 2006 году освящён в честь преподобного Сергия Радонежского.
