Первые упоминания о церкви села Мендерское Белозерского района Курганской области относятся ко второй половине 19 века. По сохранившимся приходским книгам можно судить о том, что уже в 1865 году справно вели свои дела отец Дмитрий Доброходов, дьякон Николай Арзамазов, пономарь Епифан Попов и другие служители культа, отпевая и провожая усопших на приходское кладбище, регистрируя младенцев и крестя оных, венчая молодожёнов и ведя статистику села Мендерское.
Церковь упомянутых лет была деревянной и в 1895 году её постиг пожар. На месте сгоревшей церкви на средства прихожан и частных благотворителей в 1907 году была построена новая каменная церковь.
На основании декрета Совета Народных Комиссаров РСФСР «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» от 23.01.1918 года Мендерская церковь была лишена юридического права и закрыта в 1938 году.
До 1967 года в здании церкви находился сельский клуб, библиотека, затем зерносклад. Постепенно здание церкви разрушалось и разграблялось. К 1984 году были разрушены церковные купола и звонница, окна и врата разбиты, фрески и росписи стен и купольного свода уничтожены.
