Село Маргаритово основано в 1900 году на левом берегу реки Пфусун (с 1972 года — р. Маргаритовка) при впадении реки Лиственной. Первые 27 семей перебрались сюда без ходока (т.е. без предварительного осмотра места) и по личному выбору поселились в Пфусунской пади. Это были семьи С.С. Бровченко, В.Д. Декальчук, Е.З. Собченко, Н.А. Колесниченко. Село было названо в честь исследователя Дальнего Востока Василия Петровича Маргаритова (16 января 1854 г. — 12 октября 1916 г.).
Строить церковь новоселы начали в первый же год своего поселения. В 1903 году строительство церкви во имя великомученицы Варвары, равноапостольной Марии Магдалины и святой Евдокии было завершено. При церкви вскоре была построена церковно-приходская школа. Часть денег на строительство храма и ЦПШ (4100 руб.) была пожертвована московским купцом Зубовым. Село с 1909 года находилось в Ольгинском уезде Приморской области. В нём имелось волостное правление и дважды в год проходили ярмарки. Главными занятиями жителей были земледелие и скотоводство.
Храм разрушен в советское время.
