Точная дата основания монастыря неизвестна, но, предположительно, он существует с конца 15 века, со времен венецианского владычества на Крите и изначально был католическим. Монастырь был основан членом венецианской семьи Дандало, могила которого находится в главной церкви монастыря.
Монастырь Спасителя Христа и Святого Гедеона находится в ведении монастыря Каракал на горе Афон (Monastery of Karakalou at Athos). Нет письменных свидетельств о том, когда и при каких обстоятельствах монастырь отошел в ведение монастыря Каракалу, но первое упоминание о монастыре как о подворье монастыря Каракалу датируется 29 июня 1707 года, в кодексе афонского монастыря. Тогда же монастырь в Маргаритес стал мужским, хотя основан был как женский.
