Часовня была построена приблизительно в 1890-1900 годах. Строили ее местные жители. Во времена советской власти она была закрыта и в ней долгое время располагался магазин Сокольского райпо. Магазин закрыли, смотреть за часовней стало некому, все в ней постепенно разрушалось и приходило в упадок.
В 2003 году по инициативе местных жителей и по благословению священника протоиерея Анатолия Балясина началось ее восстановление. Начали работу специалисты по реставрации церквей: они первым делом обкопали часовню со всех сторон и подняли на камнях, на которых она стояла. Было принято решение оставить основу часовни в первозданном виде, а притвор, купол и крест изготовить новые. Продолжили работу местные плотники – отец и сын Бурлаковы. Они выбирали гнилые места из основы, вырезали их и вставляли новое дерево. Стены часовни внутри и снаружи были обшиты вагонкой. Основной вклад в восстановление часовни внес Куликов Андрей Леонидович, прихожанин храма Святого Духа. Он же является старостой часовни и поддерживает ее в хорошем состоянии. Посильное участие в восстановлении часовни принимали Нагибин А.В. и Красовский М.М.
К лету 2004 года часовня была восстановлена и освящена. В 2006 году во время Великого поста, на Крестопоклонной неделе, при строительных работах на одной из дач, на глубине двух метров был найден крест, который изначально стоял на этой часовне. Видимо, во времена гонений крест таким образом был спрятан. В дальнейшем его отреставрировали и установили внутри часовни.
http://vologda-mitropolia.ru/vnews/item/1439-v-nikolskoj-chasovne-derevni-malye-ozerki-sostoyalsya-prazdnichnyj-moleben
