Родился Филипп 22 октября 1869 в селе Казанка (Оренбуржье). Родители его были бедными крестьянами. В многодетной семье думы об образовании напрочь отбрасывали. Отец говорил, что из нищих крестьян ученых не бывает. Но рука мальчика сама тянулась к углям и рисовала на стенах и воротах. Тяга к творчеству ему передалась от дедушки, который владел резьбой по дереву. Грамоте обучил местный фельдфебель.
Когда Филиппу было 16 лет, в село приехал погостить к родственникам монах с Афона. С ним Филипп отправился в Грецию, чтобы научиться писать иконы. Деньги на дорогу собирали всем миром. На Афоне парень попал в русский монастырь св. Пантелеймона. Он стал послушником, соблюдал устав, работал в иконописной мастерской.
Там он прожил 7 лет. И, вероятно, остался бы навсегда, если бы не случай. В ту пору знаменитый русский скульптор Владимир Александрович Беклемишев, путешествуя по Европе, решил посетить православную святыню. Когда Беклемишев увидел работы Филиппа Малявина, то был потрясен. Такое тонкое чувство тона в изображении морских волн он встречал редко. Поразила и точность рисунка этого молодого человека.
Беклемишев уговорил монахов отпустить Филиппа, привез его в Петербург и поселил на первое время у себя дома.
Осенью 1892 года двадцатитрехлетний юноша явился на экзамен для поступления в Императорскую Академию художеств. Он разительно отличался от всех: простые черты лица, монашеская одежда, длинные волосы. Бормочет что-то под нос и крестит рисунок.
Экзамен он сдал успешно. Программу головного класса освоил за 2 месяца. В 1894 году Малявин начал заниматься в мастерской Ильи Репина. Написал портреты своих однокурсников – Сомова, Грабаря, Мартыновой, Остроумовой и других. Писал портреты на заказ.
Работал он быстро, стремительно, подобно импрессионистам. И почти всегда его картины вызывали сенсацию. От изображений благородных господ перешел к близкой ему теме – крестьянам, своим родственникам. Две работы, написанные летом 1895 году, – «Крестьянка, вяжущая чулок» и «За книгой» – купил Третьяков.
В 1899 году Малявин написал картину «Смех» для защиты диплома. На ней изображались смеющиеся бабы в ярких нарядах. Почтенные профессора работу отклонили. Они сочли ее безыдейной и вызывающей. Звание художника Малявин получил благодаря ходатайству Репина, за портреты, выставленные ранее в салоне Московского общества любителей художеств.
Через год картину «Смех», в числе других экспонатов, отправили на Всемирную выставку в Париж. К удивлению соотечественников картина взяла золотую медаль. Ее показали в Венеции на международном фестивале. Картину купило итальянское правительство для музея современного искусства.
После такого успеха Филиппа Малявина включили в книгу «История русской живописи XIX века». Филипп Андреевич женился, купил усадьбу под Рязанью. 23 октября 1906 года в возрасте 37 лет его избрали академиком. После этого Малявин отправился в Париж.
В 1911 году он представил семейный портрет, который, однако, разочаровал зрителей – от него ожидали экспрессии, характеров, а увидели роскошные наряды, тихое семейное счастье. После этого на несколько лет у художника наступил творческий кризис.
Новые работы появились только в 1916 году. Вместо смеющихся лиц с полотен теперь смотрели угрюмые и недружелюбные.
После революции Малявин переехал в Рязань, посодействовал открытию картинной галереи и художественных мастерских, немного преподавал.
В 1919 году состоялась его первая персональная выставка. Малявина пригласили в Москву, он делал зарисовки Ленина, Троцкого, написал портрет Луначарского.
В 1922 году выехал с семьей в Париж для организации выставки и там остался. Через 2 года состоялась его вторая персональная выставка. После этого он переселился в Ниццу, продолжал писать картины. Скончался он 23 декабря 1940 года. Ему был 71 год. Похоронили его на русском кладбище.