История Богоявленского собора начинается в 16 веке, и начинается совсем не с него. Как известно древний Малмыж — это марийское укрепленное поселение, в котором находилась резиденция последнего черемиского князя Палтыша. В 1550 году к Малмыжу подошел один из отрядов стрельцов Адашева, которого Иван Грозный послал «на Каме и на Вятке стояти». Задача была проста – после взятия Казани царь хотел присоединить к московскому княжеству земли, на которых хозяйничали татары. Черемисы, жившие по берегам Вятки и желавшие независимости, не захотели менять казанского подданства на московское. В итоге – битва, Малмыж был взят, их князь убит, но и русские понесли потери. На том месте где стояли пушки, обстреливавшие укрепления черемисов, стрельцы похоронили убитых товарищей и поставили часовню Илии пророка, икону которого они принесли с собой. В 1584 году Малмыж превращается в крепость, в этом же году приходит очередное подкрепление – еще 20 стрельцов. Они с собой принесли икону Знамения Божьей Матери. В 1590 году была выстроена первая деревянная Знаменская церковь. Антиминс для нее освятил будущий патриарх московский Гермоген (в то время митрополит Казанский и Астраханский).
В 1788 году на месте деревянной церкви, сгоревшей при пожаре, началось строительство каменного собора, которое было окончено лишь в 1802 году. Освящен собор был в честь Богоявления Господня. Как указывается в «Ведомости о церкви» за 1893 год (впрочем, такие ведомости составлялись ежегодно и до 1893 г.), «Сей собор построен в 1802 году частию пожертвованием прихожан, а больше пожетвованием от доброхотнодателей». В 1852 году теплый храм был расширен «по плану и фасаду». Были пристроены коридор и колокольня с двумя теплыми палатками с устройством пневматической печи. Собор трехпрестольный. Главный храм – Богоявления Господня, правый престол в честь иконы Казанской Божьей Матери, левый – Николая Чудотворца. По штату положено – протоиерей, три священника, диакон и три псаломщика. Причем, на 1893 год, «жалования священноцерковнослужителям ни от кого ни откуда не получается, а содержатся они добровольным подаянием прихожан». «Земли при соборе находится сенокосной 29 десятин 1830 сажень, план и межевые книги имеются». До революции в соборной ризнице хранились многие малмыжские святыни. В частности: в ризнице хранилась хоругвь с изображением Господним, с которой шли на взятие Малмыжа стрельцы Адашева. Перед правым клиросом в холодной церкви висел образ «Спас Царский», подаренный на основания крепости в 1580 году царем Иваном Грозным. Сей образ долгое время находился на башне ворот крепости, отчего ворота и башня стали называться Спасскими, а улица, прежде называвшаяся Ильинскою, стала называться Башнеспасскою. После пожара 1785 года образ был перенесен в Знаменскую церковь, а в последствии, в собор. До 1840 года в ризнице хранился антиминс, подписанный будущим патриархом Гермогеном. (По мнению историка Шубина С.В. после 1840 года антиминс был передан в ризницу вятского кафедрального Троицкого собора).
Икона Ильи Пророка, принесенная стрельцами и Нижнего Новгорода и положенная в часовне первого русского кладбища, впоследствии так же находилась в соборе на стене правого придела. Жители Ильинской слободы соорудили на нее серебряную ризу. Это свидетельствовало о сохранении почитания потомками стрельцов своей исторической святыни. После революции, по делу о «церковных ценностях», Богоявленский собор, вместе с вышеперечисленным, потерял все свои старинные иконы 17-18 века, все ценности были национализированы и бесследно исчезли. Каким то чудом в 1935 году собор стал памятником архитектуры, что спасло его от разрушения. Храм стал кафедральным. И до 40 года с перерывами кафедру занимали четыре викарных епископа, три из которых ныне причислены к лику святых. В 40х годах собор был закрыт на несколько лет, в 1949 году интерьеры были вновь расписаны художником А. Фищевым, после чего в нем разрешили служить (по одной из версий перед революцией из Малмыжа в Китай уехала довольно богатая дама. Т.к. детей у нее не было, в Китае она удочерила девочку, с которой в скором времени переехала в Америку. Будучи очень богатой, умирая, она оставила завещание, по которому все свои капиталы жертвовала городу Малмыжу, при условии что в СССР будет свобода вероисповедания. Известно что ее приемная дочь пыталась отсудить состояние умершей. Возможно, вследствие этих событий, собор был отреставрирован и заново открыт ).
Источник информации: http://www.zaveru.orthodoxy.ru/sobor.htm
Богоявленский собор каменный, построен в 1802 г. расстоянием от г. Вятки в 284 верстах. Приписная тюремная Михайловская церковь, построена в 1861 г. Причта по штату положено: 1 протоиерей, 3 священника, 1 диакон, 3 псаломщика. Квартиры для причта казенные, кроме священника Шубина и диакона Овчинникова, имеющих свои дома, и священника Трапицына и псаломщика Васнецова, проживающих на частных квартирах с платою от казны квартирного пособия первому по 10 руб., а второму по 5 руб. в месяц. Земли: пахотной 12 десятин, сенокосной 16 десятин, неудобной 1 десятина 1880 сажень. Братский денежный доход: протоиерея 1080 руб. 84 коп., священника 810 руб. 63 коп., диакона 540 руб. 42 коп., псаломщика 270 руб. 21 коп. Прихожан: православных русских 2967 муж. пола, 3217 жен. пола. Приход состоит из городских жителей и крестьян 13 селений, расстоянием до 10 верст.
В. И. Шабалин «Вятская епархия. Историко-географическое и статистическое описание. — Вятка, 1912 г.»