В 2005 году по благословению приснопамятного Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, посетившего обитель, в архитектурный ансамбль Свято-Троицкого Стефано-Махрищского монастыря был включен приходской храм Махрищской слободы преподобного Сергия, находящийся у стен обители. В мае 2006 года началась реставрация разрушенного храма, завершившаяся осенью 2009 года. Восстановленный в его прежнем историческом облике храм преподобного Сергия Радонежского по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла освящен по имя Святой Живоначальной Троицы. Так возродившаяся Троицкая обитель вновь обрела свой главный престол.
По материалам официального сайта РПЦ Московского патриархата Патриархия.ру, http://www.patriarchia.ru/db/text/1247299.html в т.ч. новостная лента от 15 августа 2010г. про освящение храма http://www.patriarchia.ru/db/text/1248427.html
Около 1358 г. святитель Московский Алексий благословил грамотой освящение церкви во имя Святой Живоначальной Троицы и учреждение при ней обители, самого же Стефана поставил игуменом собранной братии. В смутное время междоусобия и междуцарствия Махрищский монастырь был разорён, разграблен и почти дотла сожжён польскими интервентами. В октябре 1612 года архимандрит и келарь вместе с народным ополчением, возглавляемым князем Дмитрием Михайловичем Пожарским и земским старостой Кузьмой Мининым, вступили в ворота Московского Кремля. Их стараниями, а затем и усердием других наместников Троице-Сергиевой лавры начала возрождаться разоренная обитель преподобного Стефана. К 1807 году главный собор обители — Троицкий — сильно обветшал. Его разобрали и иждивением митрополита Платона выстроили новый собор, освящённый 23 августа 1808 года. Слово на освящение храма произнёс молодой учитель красноречия и риторики Московской Духовной семинарии Василий Дроздов — будущий святитель Филарет, митрополит Московский.
В 1887 году при соборном храме Святой Троицы трудами архимандрита Амфилохия (по проекту архитектора Александра Петровича Белоярцева) начато сооружение новой трёхъярусной колокольни. Тщанием игумена Амфилохия и частично на его личные средства, в Троицком и Стефановском храме обновляется стенная живопись и предалтарный иконостас, паперть под новой колокольней украшается изображениями евангельских событий.
Законодательно монастырь был закрыт 5 января 1923 года. В 1922-24 годах в стенах монастыря размещалась сельскохозяйственная школа. В 1923 году были сняты и переданы в распоряжение Госпромцветметалла древние монастырские колокола. До войны в монастыре была устроена больница, в закрытых храмах — склад. В 1942 году разобрали Стефановскую и Троицкую церкви и колокольню, щебень от которых был использован на сооружение аэродрома в д. Слободка Киржачского района.
В 1995 году насельницы обратились за помощью к президенту концерна «Росэнергоатом» Э.Н. Поздышеву. С тех пор на протяжении уже более десяти лет Эраст Николаевич со своими сотрудниками делают всё возможное для возрождения этой древней обители. В 1998 году начались раскопки на месте Троицкого собора. Удалось полностью раскрыть его фундамент. В белокаменном саркофаге XVII века были обретены мощи святителя Варлаама. 27 июля 2000 года состоялась канонизация святителя Варлаама. Обитель обрела ещё одного небесного предстоятеля и покровителя.
Из книги «Свято-Троицкий Стефано-Махрищский ставропигиальный женский монастырь». Автор-составитель инокиня Магдалина (Корнилова), 2006 г.
Храм преподобного Сергия Радонежского в Махринской подмонастырской слободе (с 2010 г. храм Пресвятой Троицы Свято-Троицкого Стефано-Махрищского монастыря)
В 1824 году недалеко от восточных врат монастыря была поставлена деревянная церковь во имя преподобного Сергия Радонежского. Храм этот был перевезен сюда из села Ям и предназначался для прихожан Махринской слободы.
В 1764 году, после упразднения монастырских вотчин и передачи их государству, жители Махринской слободы и 12 селений, входивших во владения Махрищского монастыря, образовали самостоятельный приход. Новый приход, находясь во Владимирской губернии, подчинялся епархиальному архиерею, тогда как сам Махрищский монастырь — находился в ведении Троице-Сергиевой Лавры. Прихожане и духовенство, однако, не имели своего храма, и по распоряжению митрополита Московского Платона (Левшина), богослужения и требы совершались в надвратном монастырском храме преподобного Сергия с отдельно устроенным входом снаружи.
Храм был холодный, и потому в зимнее время многочисленные прихожане охотнее посещали теплый монастырский храм, что приводило к частым недоразумениям между приходским духовенством и монастырским начальством. После 1824 года за крайней ветхостью Сергиевская церковь была запечатана, и приход остался без собственного храма. Об этом затруднительном положении стало известно Преосвященному Парфению, епископу Владимирскому. В 1824 г. владыка помог приходу купить деревянную церковь в селе Ям у помещика Яковлева.
В 1832 году махринский священник Иван Герасимов обратился с просьбой к Преосвященному Парфению об освящении вновь устроенной каменной теплой церкви в честь преподобного Сергия Радонежского. В 1851 году прихожане сумели собрать средства для переустройства храма. Была возведена новая трехъярусная колокольня и устроены два придела: по правую сторону в честь святителя Николая, а по левую – в честь Тихвинской иконы Божией Матери.
Одноэтажная каменная церковь имела вид корабля. Северный и южный приделы были размещены в трапезной части, с западной стороны располагался притвор, с пристроенной к нему трехъярусной колокольней. В 60-70 годы храм благоукрашался усердием и на средства ревностного приходского старосты крестьянина деревни Юрцово Ильи Васильевича Дворецкого. В храме был настелен мраморный пол, позолочен центральный четырехъярусный резной иконостас, стены были расписаны масляными красками, росписи выполнял Ф.Д. Лавровский. С 1877 по 1879 год,на средства того же старосты была возведена каменная ограда. При храме действовало церковно-приходское училище и библиотека.
В конце 30-х годов XX века храм был закрыт, разобраны алтарная часть и верхний ярус колокольни. В советское время в стенах храма размещался клуб, чайная, библиотека.
Замечательный памятник архитектуры, включенный в ансамбль памятников Свято-Троицкого Стефано-Махрищского монастыря, долгое время пребывал в запустении, так как средств на его восстановление у возрождающейся обители не было. Лишь в 2006 году нашлись благотворители, и были начаты реставрационные работы.
6 мая 2006 года, в день памяти вмч. Георгия Победоносца, был отслужен водосвятный молебен, состоялась закладка первого камня в основание разрушенной части Сергиевского приходского храма. Всего за три с половиной года удалось заново восстановить разрушенный храм. Летом 2009 года иконописцы художественной мастерской «Киноварь» под руководством А.А. Лавданского расписали алтарь храма. К концу 2009 года основная часть реставрационных работ завершилась, храм был готов к освящению. В течение почти 70 лет Троицкая обитель не имела главного престола: храм Пресвятой Троицы в 1942 году взорвали, щебень был использован на сооружение военного аэродрома в д. Слободка Киржачского района. По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла восстановленный храм преподобного Сергия решено было переосвятить во имя Святой Живоначальной Троицы.
15 августа 2010 года Святейший Патриарх Кирилл совершил чин великого освящения Троицкого храма и возглавил Божественную литургию.3 сентября 2010 года по благословению Святейшего Патриарха в храм Пресвятой Троицы были перенесены мощи святителя Варлаама, епископа Суздальского и Тарусского, прежде почивавшие в храме преподобного Стефана Махрищского. 21 июня 2012 года правый придел храма Пресвятой Троицы был освящен во имя преподобного Сергия Радонежского. Торжественное освящение и Божественную литургию по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла возглавил Высокопреосвященнейший Феогност, архиепископ Сергиево-Посадский.
http://www.stefmon.ru/puwo/gst