Рюрик Петрович Лонин родился в деревне Каскесручей, в вепсской семье. Как вспоминал Лонин, отец назвал его Рюриком, поскольку был убеждён в вепсском происхождении Новгородского князя Рюрика.
В конце 1930-х годов Рюрик Лонин пошёл в Каскесскую школу. Ему было 11 лет, когда в 1941 году в его родные края пришла финская армия. Рюрик продолжил среднее образование в основанной оккупационными властями финской школе. По свидетельству Лонина, из жителей его деревни всего два человека эвакуировались вглубь СССР перед вступлением финских войск. То были председатель колхоза и учительница Мария Ивановна Пепшина. Только они двое из всех сельчан состояли в ВКП(б). В 1944 году Пепшина вернулась в Каскесручей, и Лонин доучивался у неё. Более полувека спустя Рюрик Лонин описал те времена в книге «Детство, опалённое войной».
В 1946 году окончил школу и поступил в Петрозаводское ремесленное училище № 2, где учился по специальности «слесарь-инструментальщик». После окончания училища в 1948 году был направлен на работу на Онежский машиностроительный завод в Петрозаводск. В эти годы Рюрик начал писать стихи на вепсском. В 1952—1955 годах служил в армии, затем работал на Петрозаводском авторемонтном заводе. В 1956 году познакомился с заведующим сектором языкознания Института языка, литературы и истории КарНЦ РАН учёным-филологом Н. И. Богдановым, исследователем вепсского и карельского языков.
В 1957 году возвратился в Шёлтозеро, работал слесарем в совхозе «Шёлтозерский».
С 1956 года по 1993 год занимался, по совету Н. И. Богданова, сбором вепсского фольклора в Карелии, Ленинградской и Вологодской областях, в свободное от основной работы время. Собранные материалы по этнографии вепсов Р. П. Лонин публиковал в республиканских сборниках по фольклору и истории. В 1967 году организовал Вепсский этнографический музей, единственный музей в России, посвящённый вепсской культуре.
В 1977—1979 годах — руководитель мемориального Музея шелтозерского партизанского подполья. В 1980—2001 годах работал научным сотрудником созданного по его инициативе этнографического музея.
С 1957 года по 2001 год участвовал в вепсском народном хоре. Как активный член общества вепсской культуры, с конца 1980-х годов принимал участие в работе по возрождению вепсского языка и письменности, вепсской культуры. В течение двух лет, с 1987 года по 1989 год, преподавал вепсский язык в Шелтозерской средней школе.
В 1999 году режиссёром А. И. Суриковой был снят документальный фильм «Рюрик и его Шёлтозеро», первый в цикле «Провинциальные музеи России», о краеведческой деятельности Рюрика Лонина.
