По благословению управляющего Новосибирской епархией епископа Тихона 27 сентября 1994 года в основание будущего храма во имя святителя Николая заложен и освящён закладной камень. Освящение совершил благочинный Северо-Западного округа протоиерей Сергий Государкин. 5 апреля 1995 года организован приход во имя святителя Николая. 18 декабря 1997 года в новой церкви совершена первая служба, 19 декабря отслужили первую Божественную литургию.
http://kyshtovka.cerkov.ru/
Бывшая в селе Кыштовке церковь была деревянная, однопрестольная, во имя св. и чудотворца Николая, построена в 1895 г. Расстоянием от г. Томска 750 верст.
Состав прихода: село Кыштовка Каинского уезда, деревни: Вятская, Ново-Ложникова, Ново-Чекинская, Еремина, Ново-Карбалыкская, Верхнее-Чекинская, Любимова, Воронинка, Пахомова, Агачеулак, Коровина и Гавриловка; прихожан обоего пола 4300 душ, в том числе раскольников 133 чел. Причта по штату: один священник, диакон и один псаломщик, содержание причта при готовых причтовых домах: жалование от казны 212 руб., руга от прихожан 600 пуд. и доходы от треб до 528 руб. Приписная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы в дер. Пахомовой, построена в 1908 г.
Церковно-приходских школ три: в дер. Ереминой, открыта в 1893 г.; в дер. Пахомовой, открыта в 1904 г., в дер. Верхне-Чекинской, открыта в 1910 г. В дер. Ново-Ложниковой церковная школа грамоты. В селе Кыштовке училище гражданского ведомства, открыто в 1878 г. Церковно-приходское попечительство существует с 1898 г.
Благочинный, священник Георгий Михайлович Быстров, рукоположен во священника 29 апреля 1890 г., назначен благочинным церквей 34 округа в 1897 г., на настоящем месте с 1898 г., награжден орденом Св. Анны III степени в 1910 г.; штатный диакон Константин Петрович Смирнов, рукоположен во диакона на настоящее место 14 мая 1906 г. и церковник Вас. Як. Селезнев, на настоящем месте с 1 октября 1912 г.
Справочная книга по Томской епархии /составлена служащими консистории под руководством В.А. Карташева в январе-марте мес. 1914 г./ Томск: Товарищество «Печатня С.П. Яковлева», 1914 г.
