Церковь была построена по образцовому проекту военных храмов, утверждённому Строительной комиссией в 1901 г. (арх. Ф.М. Вержбицкий). Всего в Российской Империи к 1917 г. было выстроено не менее 68 таких церквей.
Церковь Архангела Михаила для расквартированного на окраине Троицкосавска (в 1934 г. объединённого с торговой слободой Кяхта) 20-го Сибирского стрелкового полка была освящена 7 ноября 1912 г. настоятелем кяхтинской Воскресенской церкви прот. Мелетием Куклиным.
В 1966 г. на территории военного городка (т.н. Красных казарм) размещались, попеременно сменяя друг друга, различные танковые подразделения. С 1966 г. здесь размещалась 5-я гвардейская танковая Донская Будапештская Краснознаменная ордена Красной Звезды дивизия имени Е.А. Щаденко — штаб дивизии, 108-й танковый полк (в/ч 11845), 140-й танковый Дебреценский Краснознаменный полк (в/ч 33134) и входивший в состав дивизии 1319-й отдельный десантно-штурмовой полк. В 1984-1989 гг. дивизия именовалась 48-м отдельным гвардейским армейским корпусом (в/ч 69697).
Здание бывшей полковой церкви было обращено в мастерскую по ремонту бронетехники. С северной и южной сторон храмы были сделаны огромные проломы для въезда.
В 2007 г., после значительного реформирования данной воинской части, в Красных казармах был размещен 51-й пограничный отряд, которому церковь оказалась не нужной.
В 2014 г. при негласном попустительстве военного командования, на балансе которого находится храм, почти весь южный фасад бывшей полковой церкви был разобран на материалы для коммерческого строительства.
Источники: РГИА; ф. 806, оп. 10, д. 409 (1912 г.)
