Возникновение обители в Куженере связано со святым ключом — родником холодной прозрачной воды, открытым в Куженерской роще путниками в последней четверти XIX века. Местные крестьяне, используя воду родника, исцелялись от болезней и недугов. В ознаменование этого, по старому обычаю, у ключа был поставлен столбик с иконою великомученика Пантелеимона. Сельский священник из Токтай-Беляка отец Николай совершил сюда первый крестный ход и отслужил молебен над ключом. Он предрекал воздвижение здесь храма или монастыря. В сентябре 1884 года над ключом была построена каменная часовня. Три раза в году — 21 мая, 6 августа и 14 сентября — здесь совершали богослужения. О создании обители говорили многие. Местные крестьяне ходатайствовали об учреждении марийской женской общины во имя святителя Николая Чудотворца. Практические заботы об устройстве монастыря взяли на себя послушницы Свияжского Иоанно-Предтеченского женского монастыря. Первой поселилась при часовне в роще Екатерина Смоленцева. Сестер благословил епископ Вятский Алексий весной 1897 года. Вятские духовные власти удовлетворили просьбу крестьянского общества о преобразовании часовни в церковь.
В сентябре 1897 года совершилась закладка алтаря и паперти при часовне. Монахиня Вятского Преображенского монастыря Людмила с сестрой посетили Куженерскую рощу, организовали хор певчих. Через год здесь был освящен храм Николая Чудотворца. Церковная община начала свой путь. Местное крестьянское общество всеми силами помогало общине. Летом 1900 года общину посетил купец Федор Яковлевич Рощин, который стал оказывать постоянную помощь насельницам. В июне 1901 года, когда матушка Людмила с тремя родными сестрами Анисией, Марией и Наталией прибыли на служение в Куженерскую общину, монастырь начал свое существование. 31 декабря 1901 года Святейший Синод официально учредил Куженерско-Николаевскую общину. Монахини и послушницы уделяли большое внимание девушкам-марийкам, приобщая их к православной культуре. В деревянном здании разместились келии, три мастерские: рукодельная, живописная, позолотная. Молва о куженерской обители как благая весть разносилась по округе. Увеличивалось количество паломников. Храм не мог вместить всех. Тогда благодетель Ф.Я. Рощин пригласил архитектора Чарушина из Вятки, который составил проект пятиглавого храма для монастыря. 16 августа 1904 года состоялась закладка нового Преображенского собора. Он был закончен в 1909 году. Храм не сохранился до наших дней. Но, судя по некоторым фотографиям, он представлял собой сооружение, выстроенное в старорусском стиле с применением традиционных для древнерусской архитектуры декоративных элементов, производил всем своим видом впечатление основательности, фундаментальности.
В мае 1910 года Указом Синода Куженерско-Николаевская община была преобразована в женский общежительный монастырь, настоятельницей которого стала игуменья Людмила. В это время в монастыре проживало 127 насельниц. В монастыре была построена каменная двухэтажная трапезная, здание сохранилось. В 1907 году завершилось устройство деревянной ограды монастыря. По благословению епископа Вятского Филарета при монастыре был организован приют для девочек. Им руководила монахиня Евникия.
В 1914 году в монастыре было около 200 насельниц. Обитель имела хорошее хозяйство: земельный участок, луга, мастерские, скотный двор. Среди насельниц монастыря выделялась послушница Александра Обухова, проявлявшая в 12 лет склонность к иконописи. Она писала иконы по чеканке и золоту. За хорошую работу Александра была награждена грамотой Синода и подарками. Судьба матушки Александры сложилась очень трудно. В 1930-е годы вместе со священниками Петропавловской церкви села Юледур ее обвинили в контрреволюционной деятельности. Суд приговорил ее к 2,5 годам ссылки. Она скончалась в 1973 году на 83 году жизни и была похоронена на кладбище села Юледур.
В годы Первой мировой войны в монастыре часто служили молебны о даровании победы русской армии. Но жизнь обители становилась все труднее. В 1916 году преставился благотворитель монастыря Ф.Я. Рощин, погребенный у стен Преображенского храма. В 1918 году монастырь был закрыт. Игуменья Людмила уехала. Преображенский собор был превращен в клуб. В 1956 году здание храма было разобрано по кирпичику, а из кирпичей построили местный дом культуры. Некоторое время после закрытия монастыря службы совершались в Никольском храме над ключом.
22 мая 1998 года в здании, где до 1918 года размещалась трапезная монастыря, была совершена Божественная литургия. Святое место вновь наполняется Божественной благодатью.
