Часовня была построена более 100 лет назад к 200-летию города. Она была поставлена в память о разобраной деревянной Богоявленской церкви по проекту профессора архитектуры В.Косякова и архитектора А. Витселя. Закдадка часовни состоялась в 1903 году в присутствии адмирала Макарова.
В советское время часовня была заброшена и практически разрушена.
Восстановлена в 2003 году к 300-летию Крондштадта.
Впервые часовня у Петербургских ворот была построена на средства купца Третьей Гильдии Ивана Осетрова и освящена 27 июня 1858 года. Проект деревянной часовни был составлен архитектором Р. И. Кузьминым. Часовня простояла до 1903 года, после чего ее перенесли к Кронштадтским воротам. А на месте этой часовни решено было построить каменную и посвятить ее двухсотлетию Полтавской победы, праздновать которую Петр Великий завещал «из роды родов».
Проект новой часовни разработал профессор Петербургской Академии Художеств В. А. Косяков, который в это время уже занимался также строительством Морского Никольского Собора в Кронштадте. 28 сентября 1903 года в присутствии Главного Командира Кронштадтского Военного порта вице-адмирала С. О. Макарова состоялось торжество закладки новой часовни. К середине сентября 1904 года здание было почти готово: водружен крест и сняты леса с купола.
В советское время часовня была запущена и представляла собой жалкое зрелище: ее закрывали леса, но ремонт не проводился. В 2003 году ГУП «Водоканал Санкт-Петербурга» начал работы по реставрации часовни, которые в течение года велись в соответствии с исторической справкой КГИОП. 17 мая 2004 года, в дни празднования 300-летия г. Кронштадта, была освящена часовня от церкви Богоявления Господня «Спас на водах». Освящение часовни совершил протоиерей Святослав Мельник.
Информация из статьи Л. И.Токаревой в газете «Кронштадтский вестник» № 1 от 07.01.2005 г. и других СМИ
