История села Крестобогородского началась в 1655 году, когда ростовский митрополит Иона Сысоевич водрузил здесь, «у врат града Ярославля, для его сохранения», крест в память об избавлении города от моровой язвы в 1654 году. Место это, с древних времен носившее название Поклонная гора, — высшая географическая точка при въезде в Ярославль, и, как писал Н. Г. Первухин, «уже в XVII веке славился здесь вид на широко раскинувшийся внизу город с белыми ветхими башнями и благолепием полусотни богатых храмов». Выбор владыки не был случаен, продолжает Нил Григорьевич, «ибо для золотого века допетровской Руси красота и религия были нераздельны и прекрасное венчалось крестом»
Крест владыки Ионы находился сначала в деревянной часовне, рядом с которой поселились несколько семей из деревень Ильцино, Михайловское и из прихода церкви Николы в Меленках. В 1677 году вблизи от часовни крестьянами Спасского монастыря была построена деревянная церковь Положения Ризы Богоматери. Эти земли принадлежали Спасскому монастырю, который оснастил новый храм богослужебными книгами, иконами, утварью. Из монастыря были принесены иконы Смоленской Богоматери и Положения Ризы Богоматери, из Николо-Мельницкой церкви — икона Николая Чудотворца (они и ныне находятся в храме). В честь креста и Богородичного образа село получило название Крестобогородского, или Крест.
В 1760 году прихожане на свои средства соорудили стена в стену с часовней каменную церковь, весь материал на ее строительство пожертвовал владелец Ярославской Малой мануфактуры Дмитрий Максимович Затрапезнов. Главный престол в летнем храме посвятили Положению Ризы Богоматери, зимний придел — Николаю Чудотворцу, впоследствии он был переименован во имя Филиппа, митрополита Московского (возможно, в память о том, что в 1652 году через эту местность будущий Патриарх Никон сопровождал мощи святителя из Соловецкого монастыря в Москву). Освящал новую церковь 3 декабря митрополит Ростовский и Ярославский Арсений (Мацеевич) — в храме бережно хранится антиминс от святителя.
В 1762 году священник деревянной церкви села Сидоркова Ярославского уезда обратился к преосвященному за благословением на строительство деревянного храма взамен сгоревшего в прошлом году. Владыка ответил, что вскоре после подачи прошения явился в духовное ведомство церковный староста означенной церкви, крестьянин Иван Алексеев. Он сказал, что договорился «с священником и приходскими людьми, чтоб имеющуюся в селе Богородском [что у Креста] излишнюю деревянную церковь (вместо коей в том селе Богородском построена вновь каменная церковь, а та деревянная по прошению того села Богородского священника с приходскими людьми совсем упразднена и ничего в ней кроме одних стен нет), взять им в то село Сидорково за надлежащую плату». Митрополит Арсений распорядился разобрать деревянный Крестобогодский храм и перевезти его в указанное село. (Церковь простояла на новом месте недолго — в 1788 году была заменена каменной.) Данный документ дает нам дополнительные сведения — каменный храм в селе Крест был возведен не на месте деревянного, а рядом с ним.
В 1806 году архиепископ Ярославский Антоний, страдавший тучностью, каждый день ходил к кресту молиться; в память о его ежедневной молитве в церкви была поставлена икона Антония Римлянина, дошедшая до наших дней. В благодарность за избавление от болезни владыка благословил и отчасти профинансировал строительство в 1811 году вместо часовни у северного фасада здания теплой церкви Животворящего Креста Господня.
В 1817 известный ярославский резчик Гаврила Столарев с сыном Кузьмой сделал для нового храма иконостас, престол и жертвенник. В заключенном с ними договоре имелось замечание: «чтоб в каждом месте для иконы были бы деки к написанию изображениев, кроме Спасителевой и Богоматери икон, кои должны быть подле царских врат» (сообщено А.И.Шемякиным). Росписи главного храма и приделов выполнены после 1825 года под наблюдением местного священника Андрея Смирнова, который и сам являлся хорошим художником. В 1831 он преподнес императору Николаю I написанное им на стекле изображение креста Ионы Сысоевича, за что ему были пожалованы золотые, украшенные драгоценными камнями часы.
Главная святыня храма — «натуральной» величины живописный крест митрополита Ионы, по сторонам от которого — иконы с предстоящими Богоматерью, Марией Магдалиной, Иоаном Богословом и Логином Сотником (по мнению искусствоведа Т. Е. Казакевич, исполнение боковых икон можно отнести к 1760 году — времени окончания строительства зимнего храма). На кресте надпись: «Да не найдут к тому сюда на люди его [града Ярославля] паки тлетворных ветров беды и да будет сие святое изображение от нас Богу, Всевышнему Отцу светов, во благодарение и во славу Господа нашего Иисуса Христа, яко силою Животворящего Креста сего, заступлением Пресвятой Богородицы и молитв ради св. чудотворцев Феодора и чад его), Давида и Константина, и Василия и Константина, скоро тогда в стране нашей смертоносная язва утишися и преста и елие благоденство и тишина наста». Поток «благочестивых граждан» к чтимой святыне был настолько велик, что возникла необходимость его отрегулировать. В одном из номеров Ярославских Епархиальных Ведомостей за 1884 помещено объявление местного священника Валентина Орлова, в котором богомольцы приглашались в Крестобогородский храм на литургию по пятницам в утренние часы, а в летнее время — ежедневно с пяти до восьми часов вечера «вход ко Кресту Господню может быть отверзт для приходящих поклонников без малейшего замедления».
В 1989-1994 годах на средства прихода и областного бюджета святыня отреставрирована под руководством А. Н. Клячиной и В. И. Васина. В нижнюю часть креста, восстановленную в ходе работ, в настоящее время вставлено множество современного изготовления ковчежцев с частицами мощей святых.
Из святынь, обретенных в последние годы, можно указать выполненную недавно для главного иконостаса икону «Положение ризы Богоматери во Влахерне» с частицей ризы Богоматери. Незадолго до ухода на покой митрополит Ярославский и Ростовский Иоанн (Вендланд) вложил в Ризоположенскую церковь свой серебряный напрестольный крест.
На Поклонной горе ополчение Козьмы Минина и Дмитрия Пожарского устроило первый привал перед походом на Москву, здесь собирались богомольцы в праздник Воздвижения Креста и в Крестопоклонную неделю. До Крестобогородского села горожане с крестным ходом каждый год провожали чудотворные ростовские иконы Богоматери Владимирской и Тихвинской.
Жители Ярославля в утреннее и вечернее время, чаще летом, приходили в селение Крест любоваться восхитительным видом — отсюда хорошо просматривались 35 деревень и 13 сел. Как отмечал один из любителей прекрасного, «особенно красивым кажется отсюда Ярославль в начале дня; при утреннем солнечном свете он блистал яркими огнями от множества позлащенных глав. Удивительный пейзаж никого не оставлял равнодушным и создавал особое настроение. И кажется, совсем не случайно на одном из местных колоколов была отлита надпись: «услышав призывной звук, раздающийся в круге небесном, спешите во храм, но с неожесточенными сердцами».
Благодаря географическому положению села Крест, находившегося на Московской дороге при въезде в Ярославль, храм посещали не только обычные паломники и туристы, но и первые духовные и светские лица страны как прошлого, так и современности.
Крестобогородская церковь входит в число пяти храмов Ярославля, в которых не прекращалось богослужение все годы советской власти. Но в ее истории был период, когда над ней нависла реальная угроза закрытия. На заседании исполнительного комитета Ярославского областного Совета депутатов трудящихся, проходившего 15 июня 1966 года было принято решение «Об организации въезда в город Ярославль в районе с. Крест» (напомним, что тогда в этой части города велось активное строительство поселка при Ново-Ярославском нефтеперерабатывающем заводе). Этим решением одобрялся снос Крестобогородской церкви, которая мешала устройству автомобильной дороги. Но Министерство культуры РСФСР отклонило представление облисполкома в связи с тем, что включает «данное здание в число памятников, подлежащих охране государством, а религиозное общество является активным и церковь поддерживает масса верующих». Возможно, свою роль сыграло письмо в министерство, написанное известным искусствоведом Верой Григорьевной Брюсовой в защиту церкви от сноса.
Недаром в циркуляре министерства говорилось о приходской общине, а это были преимущественно немолодые, много пережившие женщины. Возглавляемые старостой, Екатериной Васильевной Шишаковой (позднее она приняла постриг с именем Евгения), они в короткий срок собрали сотни подписей, пытались пробиться в кабинеты высоких должностных лиц как в Ярославле, так и в Москве. Отстаивая свой храм, прихожане писали письма в разные инстанции. В одном из таких посланий говорилось: «Мы, люди нашего поколения, прожили нелегкую жизнь. Большинство из нас отдавали себя Родине без остатка в тяжелые годы, большинство из нас прежде времени потеряли здоровье. А сколько среди нас матерей, которые отдали Родине своих детей, а жен и сестер, которые потеряли в войну своих мужей и братьев, воспоминание и скорбь о которых только и смягчается во время пребывания нашего в храме».
Не желая мириться с существованием действующей церкви на главном въезде в город, областные власти в 1968 году предложили другое решение — выпрямить дорогу так, чтобы храм остался в стороне и устроить в нем музей («со всем культовым имуществом»), а приход перевести в церковь Параскевы Пятницы на Тутовой горе. Но община н с этим была несогласна: «Пятницкий храм на протяжении десятков лет используется под склад. Внутри ничего нет, что относится к храму: стенная живопись изуродована и забелена известью, колокольня разрушена, купола снесены, находится она на расстоянии 7 или 8 км от нашего храма». Это был, пожалуй, один из самых драматичных периодов борьбы за церковь: советские власти оказывали давление не только на прихожан, но и на митрополита Ярославского и Ростовского Иоанна. Сохранилось письмо владыки, в котором он убеждал приходской совет прекратить сопротивление и согласиться на предложение властей: «взять новый храм необходимо, в противном случае богослужения в общине прекратятся; Ярославль потеряет одну церковь, и грех этой утраты будет лежать на старосте церкви и ее исполнительном органе».
Когда уже велась подготовительная работа к началу реставрации Пятнице-Туговской церкви, в Москве было принято постановление о продолжении богослужений в Крестобогородском храме (определенная роль в таком разрешении конфликта принадлежала, по его собственному признанию, Александру Николаевичу Яковлеву, а также Вере Григорьевне Брюсовой).
Сейчас, спустя несколько десятилетий, можно утверждать, что только благодаря невероятным усилиям приходской общины, твердости духа простых русских женщин мы обязаны спасению этой церкви.
Ризоположенский храм находится в ведении Русской Православной Церкви. Последние два десятилетия в нем осуществляются реставрационные, строительные, восстановительные работы: по инициативе и при активном участии настоятеля, митрофорного протоиерея Владимира Пчелкина сделаны новые полы и отопление, к зимнему храму пристроена паперть, внутри он заново расписан московским художником Юрием Ильичем Африным. В 2008 году на приходскую колокольню был поднят 200-пудовый колокол — один из самых больших из современных в Ярославле.
