Скромная каменная церковь построена «при самом въезде у ворот, на правой руке» на средства купца Г. Г. Никонова в 1812 – 1814 годах. Он также дал деньги на иконостас, утварь и ризницу. 27 сентября 1814 года небольшой храм, построенный по проекту неизвестного архитектора в стиле ампир, был освящен во имя Святителя Николая Чудотворца.
В 1869 — 1870 годах Никольская церковь была капитально отремонтирована на средства купцов братьев Елисеевых и купца Синебрюхова, и 22 октября 1870 года вновь освящена. В простых формах здания воплотились типичные черты зодчества классицизма: завершение фасадов треугольными фронтонами, обработка стен пилястрами, перекрытие основного помещения плоским куполом. Церковь капитально перестраивалась и в 1884 году, была дополнена пристройками левого (северного) придела во имя Святого Духа и трапезной. В середине XX века к западу от здания церкви была возведена деревянная двухъярусная колокольня со вспомогательными постройками.
После революции Никоновская церковь ни разу не закрывалась. В настоящее время в церкви хранится несколько чтимых икон, переданных в неё из закрытых и снесенных охтинских храмов, среди них древний образ Праведного Иосифа Древодела и Смоленской Божией Матери из разрушенной Свято-Духовской церкви и очень почитаемая прихожанами икона Божией Матери Скоропослушницы из богадельни при церкви Казанской иконы Божией Матери Большеохтинского кладбища. Вероятно, из снесенной Георгиевской церкви на этом же кладбище были переданы в храм икон Святителя Николая Чудотворца, преподобного Сергия Радонежского, преподобного Серафима Саровского и великомученика Георгия Победоносца. В наши дни Никольский храм на Большеохтинском кладбище — один из наиболее посещаемых в городе.
Не смотря на трудность сообщения между городом С.-Петербургом и Охтой, особенно в то время, когда еще не было ни одного постоянного моста через Неву и когда во время распутицы нельзя было никаким образом попасть из города на Охту, Георгиевское кладбище еще в прошлом столетии начало быстро замещаться телами умерших городских обывателей. По всей вероятности, сюда многих привлекала для погребения умерших высокая, сухая и красивая местность Охты.
Судя по уцелевшим документам, нужно заключать, что здесь, еще с прошлого столетия, хоронились тела людей, имевших большое значение в государстве. На ряду с государственными деятелями хоронились именитые и состоятельные торговцы; в числе последних находилось семейство богатых купцов Никоновых.
В 1812 г. настоятелем Большеохтинских церквей был деятельный протоиерей Андрей Иоаннович Журавлев, а начальником охтинской верфи капитан 1-го ранга Орловский, зять Никоновых. Может быть, личными беседами, а вернее всего, при участии капитана Орловского, протоиерей убедил Григория Никонова построить храм на Большеохтинском кладбище. Нужда в таком храме была обязательная, потому что в однопрестольном Георгиевском храме нельзя было совершать отдельных литургий.
По указу духовной консистории от 23 августа 1812 г. с.-петербургский купец Григорий Никонов 24 числа того же месяца заложил на месте погребения своих родителей и на свои средства устроил небольшую каменную церковь, которая освящена 27 сентября 1814 г. во имя Святителя и Чудотворца Николая. Устроенная на средства частного лица означенная церковь хотя и передана была в ведение епархиальной власти, но долгое время поддерживалась и ремонтировалась на средства наследников строителя, частным образом; а потому в церковном архиве за прежнее время нет никаких документов касательно сего предмета.
При описании Георгиевской церкви мы упомянули о рапорте благочинного Н. Парийского от 19 июля 1869 г., в котором к числу церквей, требующих ремонта, отнесена и церковь Никольская; сказали также, что по сему предмету представлены были причтом четыре сметы, из которых две не утверждены и возвращены для изыскания денежных средств. Одна из этих смет касалась именно поправки Никольской церкви.
Средства на этот предмет скоро отыскались; явились усердные жертвователи, которые приняли на сбой счет ремонт означенной церкви: братья Елисеевы пожертвовали 1 400 рублей; почетный гражданин Алексей Васильевич Алферовский (зять Никоновых) 500 руб. и г. Синебрюхов 200 руб. На этот капитал произведены следующие работы: железная крыша переделана и выкрашена масляной зеленой краской; наружная штукатурка вся исправлена и окрашена; оконные рамы сделаны новые; вместо плитных холодных полов настланы деревянные; печи все перекладены; внутренняя штукатурка вся исправлена и окрашена; купол и своды расписаны орнаментами; в парусах изображены евангелисты. По благословению высокопреосвященнейшего митрополита Исидора возобновленная Никольская церковь освящена местным благочинным Н. Парийским 22 октября 1870 г.
В конце 1879 г. усердием Петра Стефановича Елисеева она снова вычищена и подновлена с перекладкою всех печей, в каковом вид существует доселе. Украшение церкви прилично, но особенных редкостей — древних, ценных или художественных, в ней нет.
Весь иконостас писан на холсте, но кем — неизвестно. В алтаре с правой стороны горнего места помещается глава Спасителя весьма хорошей работы, но имя художника опять неизвестно. За правым клиросом в особом киоте поставлена икона Господа Вседержителя, древнего писания, в сребропозлащенной ризе, пожертвованная купцом Иваном Андреевичем Авериным. За левым клиросом, в золоченом киоте находится икона Тихвинской Божией Матери, пожертвованная купцом Исаевым. На южной стене, над могилою Никоновых, устроен серого мрамора киот с двумя родовыми их иконами: Спасителя и Божией Матери.
Служба в Никольской церкви совершается, кроме храмового праздника, по просьбе лиц, желающих отдельно возносить свои молитвы при погребении или поминовении усопших. Кроме случайных заказчиков, в настоящее время усерднейшими молитвенниками в ней являются: зять Никоновых, похороненных под храмом, Алексей Васильевич Алферовский и Петр Стефанович Елисеев, по желанию которого совершаются две литургии еженедельно, впредь до освящения устрояемого им нового храма.
«Историко – статистические сведения о С.-Петербургской епархии.» Выпуск 7, Санкт-Петербург, 1883 г. Типографии Департамента Уделов (Моховая ул., д. № 36).
