Идея об устройстве в Галиче музея местного края начала обсуждаться в первые годы после Октябрьской революции. Краеведы начали работу по собиранию предметов еще задолго до его оформления. Особенную активность проявил заведующий галичской городской центральной библиотекой Иван Васильевич Яблоков, ученик В. И. Смирнова, историка, краеведа, председателя Костромского научного общества по изучению местного края. С 1918 года И.В. Яблоков стал налаживать работу по сбору предметов для музея. Он осматривал разоренные усадьбы, закрытые церкви и монастыри, вывозя оттуда книги, документы, оружие, мебель, портреты. Официально музей был открыт 12 марта 1922 года и разместился на втором этаже двухэтажного здания по ул. Луначарского, д.11. Оно было построено в 1914 году и до революции принадлежало городскому голове, купцу И. М. Нешпанову.
При отсутствии средств и постоянного сотрудника музейное дело шло с перебоями. Но коллекции музея постепенно пополнялись, и с 15 октября 1922 года при нем была организована библиотека, содержавшая около 2500 томов изданий преимущественно конца XVII веуа и первой половины XIX века.
11 апреля 1927 года городской совет предоставил музею часть большого каменного здания в центре города. 16 августа и 10 сентября того же года музей получил дополнительно новые комнаты. 1 ноября 1927 года музей открылся в новом здании на ул. Свободы, 18.
К 1929 году в музее существовали отделы, истории города, художественный, историко-бытовой, этнографический, древнерусского искусства, естественноисторический, доисторический, историко-революционный, промышленно-экономический. Помимо этого в музее продолжали пополняться книгохранилище, около 10 000 томов к 1929 году, рукописный и фотоархивы.
В 1930 году музей переехал в новое, более обширное помещение на втором этаже бывшего особняка купца И. М. Нешпанова. Однако гонения, которым подверглись краеведы в конце 1920-х годов, коснулись и Галича, краеведческие исследования были свернуты, многие документы утрачены.
В 1984 году музею была передана после реставрации церковь Богоявления XVII века, а в 1993 году здание бывших лавок купца Нешпанова. В 2002 году храм передали верующим, а музею были предоставлены оба этажа дома № 11 на ул. Луначарского.