Музей ведет свою историю с 1896 года, в 1925 году он получил статус краеведческого.
Экспозиция «Город юный – город древний» рассказывает о прошлом края с древнейших времен до наших дней. В ней представлено вооружение ордынского воина, офицерские мундиры и оружие XVIII–XX веков, дамские платья и крестьянские сарафаны, зенитная пушка и авиационная бомба времен Великой Отечественной войны, модель первой доменной печи, келья монаха Череповецкого Воскресенского монастыря, интерьеры жилых комнат 1930-х и 1950-х годов. Образно представлен и современный город.
В 2016 году в музее открылась обновленная экспозиция «Череповецкий край в древности и средневековье», посвященная очень большому историческому периоду, от VII тысячелетия до нашей эры, когда на территории современного Череповца появились первые поселенцы, до эпохи «смутного времени» в начале XVII века.
В музее проводятся театрализованные экскурсии, мастер-классы, уроки мужества. Работает детский исторический клуб «ДИМКА».
