Храмов в обители было шесть. Один каменный в честь Успения Пресвятой Богородицы с двумя приделами. Второй каменный храм во имя св. Иоанна Предтечи, переделанный из часовни над гробницами прп. Серапиона и первого игумена монастыря Авраамия. Мощи их почивают под престолом Предтеченской церкви. Третий храм — деревянный в честь Богоявления Господня. Здесь под спудом покоятся нетленные мощи прп. Никодима Хозьюгского. Еще были храмы в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, в честь Преображения Господня, в честь апостола и евангелиста Иоанно-Богослова.
В 1849 г. Митрофан с четырьмя другими иноками пришел на Кожозеро и нашел здесь одни развалины. Храм пришел в ветхость, другие монастырские постройки не сохранились. Иноки поселились в курной избе. В следующем году ветхая Богоявленская церковь сгорела. Митрофан отправился в Архенгельск для сбора пожертвований. На собранные 400 рублей подрядили мастеров на строительство церкви.Затем Митрофану предстояли мытарства по обеим столицам.
Прежде, чем возбудить ходатайство в Синоде, необходимо было изыскать средства для возобновления обители, поскольку на помощь казны рассчитывать не приходилось. Средства нашлись: московский фабрикант Павел Матвеевич Александров пожертвовал десять тысяч рублей. Митрофан переехал в Петербург и начал хлопоты в Синоде.
30 мая 1853 года последовало высочайшее утверждение постановления Святейшего Синода об открытии второго класса Кожеозерской пустыни «в самостоятельной степени, но без всякого от казны пособия». Средствами для содержания монастыря были назначены 689 десятин леса, 1800 сажен пахотной земли и рыбное Кожозеро. Позже Государственным Советом было отчислено во владение монастыря по четыре версты вокруг озера (как было в прежние времена) и местность, где находилась часовня преп. Никодима на речке Хозъюге.
Благодаря П.М. Александрову и другим жертвователям над гробницей преп. Никодима была сооружена серебряная рака. Над гробницей блаженных старцев Серапиона и Авраамия была построена часовня.
http://www.cirota.ru/forum/view.php?subj=81894
