История Свято-Стефановского храма берет свое начало с XIV века, когда на месте языческой кумирницы поселян Пыраса проповедник Стефан Пермский выстроил православную деревянную часовню. С увеличением числа поселян маловместимую часовню разобрали, а на ее месте возвели деревянную церковь. В ней устроили два престола. Один — во имя святителя Николая Чудотворца, а второй — во имя архидиакона Стефана. Храм именовали Святониколаевским.
В середине XVII века рядом со Святониколаевской церковью прихожане обнаружили явленную икону Владимирской Божьей Матери. На месте находки поставили деревянную шатровую церковь во имя явленной иконы Владимирской Божьей Матери, а прирубленный к церкви придел освятили во имя Святого Стефана Великопермского. Образовавшийся приход получил название Котласского Стефановского.
3 августа 1776 года после вечернего богослужения во время грозы церковь загорелась от попадания молнии. Из горящего помещения удалось вынести только часть икон. В первую очередь явленную икону Владимирской Божьей Матери.
В 1785 году было закончено строительство каменного храма в честь Владимирской иконы Божией Матери с Никольским приделом и во имя святого первомученика и архидиакона Стефана, а ветхий Стефанониколаевский храм был разобран. В 1825 году на месте разобранного Свято-Николаевского храма прихожане под руководством местного крестьянина Льва Трофимовича Беляева начали строить каменную холодную церковь, «оканчившуюся кверху колокольней». Ее освятили 8 декабря 1829 года во имя святителя Стефана епископа Пермского.
5 сентября 1920 года Котласский совет заключил с общиной верующих договор, на основании которого общине от государства передавались по описи церковное имущество и утварь. В июне 1928 года были попытки разобрать ограду на кирпич, а в начале 1931 года горисполком обратился к общине верующих с требованием освободить один из действующих храмов и три угловых флигеля в ограде.
В период 1932-1937 гг. в храмах разместили мельницу и маслозавод. Священников выслали из Котласа. 6 ноября 1937 диакон Иван Трубачев был расстрелян. После войны в связи многочисленными просьбами передать храм верующим было принято решение о передаче храмов общине. 14 сентября 1947 года на должность настоятеля Котласского Стефановского прихода епископ Архангельский и Холмогорский Леонтий назначил священника Владимира Жохова. Было решено сначала отреставрировать Стефановский храм. В 1948 году из закрытой Вондокурской церкви в Свято-Стефановский храм был привезен иконостас (собственный иконостас был уничтожен еще в 1931 г.). Начались богослужения.
На сегодняшний день на территории Свято-Стефановского храма активно ведутся ремонтно-реставрационные работы. По благословению епископа Котласского и Вельского Василия в нижнем храме в честь свт. Николая Чудотворца совершен капитальный ремонт, проходят реставрационные работы у храма-колокольни в честь свт. Стефана Пермского.
Летом 2014 года на территории Свято-Стефановского храма начались строительные работы по возведение духовно-просветительского центра, а 18 апреля 2015 года епископ Котласский и Вельский Василий совершил освящение духовно-просветительского центра во имя свт. Стефана Великопермского.
Котласская Стефановская церковь построена в 1777 г. Каменная, двухэтажная, с тремя престолами.
Другая церковь в Котласе — каменная, с одним престолом — построена в 1825 г. В окладной книге монастырей и церквей Великоустюжской епархии 1755 г. упоминалась церковь Николая Чудотворца на Котласе, в Двинской трети Устюжского уезда. Местоположение: на 1859 год — погост Котласский-Староновский [Котласский-Стефановский?] (Котлос), во 2-м стане Устюжского уезда, при р. Двине.
В 1788 г. при церкви числилось 546 человек, в 1868 г. — 911. 19 февраля 1899 г. открыта штатная диаконская вакансия. Указом от 25 нобяря 1915 г. за №16319 открыт второй штат причта, в составе священника и псаломщика, с содержанием за счёт местных средств.
http://parishes.mrezha.ru/parish_history.php?id=1050