Решение о воссоздании храма Рождества Пресвятой Богородицы в Ипатьевском монастыре на месте разрушенного в советское время было принято в 2008 году по инициативе президента Российской Федерации Д.А. Медведева с благословения патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Торжественное открытие и освящение храма приурочено к 400-летию восстановления Российской государственности. Кроме того, монастырю стал необходим просторный храм, где можно совершать ежедневные богослужения без ущерба для сохранения уникальных настенных росписей и икон Троицкого собора.
Первая церковь Рождества Пресвятой Богородицы была построена в Ипатьевском монастыре в 1564 году, в ней были погребены сам Чет и его потомки. В 1767 году к визиту императрицы Екатерины II уже сильно обветшавшая деревянная церковь перестроена в каменный, более вместительный, теплый храм («в длину 16 и ширину 6 сажен, с накатным потолком и пятью деревянными главами»). Церковь богато украшена лепными клеймами и росписью.
К 1801 году деревянные главы и пололки храма сильно обветшали и по распоряжению епископа Евгения Романова, вместо пяти глав на церкви, была возведена одна, а для поддержки потолков были поставлены десять деревянных столбов, которые позднее были заменены каменными колоннами. В 1810 году старанием купца В. Стригалева в паперти Рождество-Богородицкого храма устроен придел во имя св. И. Златоуста. В 1813 году на народные пожертвования пол в храме выстлан чугунными плитами.
В 1859 году каменная церковь была разобрана и в течение последующих четырех лет на ассигнованные из государственной казны 37 тысяч рублей заново перестроена в русско-византийском стиле по проекту К. А. Тона. Церковь снова стала пятиглавой, имела два крыльца и соединялась переходом с Троицким собором.
Стены и своды храма изнутри обложены искусственным мрамором. Иконы для вызолоченного иконостаса написаны мастерской палеховского иконописца Сафонова. Храм был торжественно освящен архиепископом Платоном 2 февраля 1864 года. После закрытия Ипатьевского монастыря, в 1932 году, храм Рождества Пресвятой Богородицы варварски разрушен.
Воссоздание храма, как и планировалось, завершено в 2013 году. Храм возведен в формах второй половины XIX века на месте снесенного храма, с юго-запада от Троицкого Собора. По материалам: www.pravmir.ru, статья «Восстановление храма Рождества Богородицы в Ипатьевском монастыре завершится в этом году», 30 марта 2013 г.; http://gtrk-kostroma.ru, ГТРК Кострома, статья «В Ипатьевском монастыре освящены кресты восстановленного храма Рождества Богородицы», 30 мая 2013 г.; www.patriarchia.ru, статья «Святейший Патриарх Алексий направил приветствие участникам закладки собора Рождества Пресвятой Богородицы в Ипатьевском монастыре», 2 октября 2008 г.
