Строительство каменного коломенского кремля было начато 25 мая 1525 года Великим князем Василием III и продолжалось 6 лет. Кремль возводился с внешней стороны деревянной стены. В плане он представлял собой близкий к овалу многоугольник с периментром стен почти 2 км, что лишь на 300 м меньше протяжённости стен Московского Кремля, толщиной 3-4,5 м и высотой 18-21 м. Стены были облицованы кирпичом с каменной забутовкой внутри. Они были снабжены бойницами подошвенного, нижнего, среднего и навесного боя, не имели машикулей и завершались зубцами, на которых подвешивались ставни для защиты оборонявшихся. Число башен не было постоянным и менялось в разные периоды. Коломенский кремль имел как минимум 13 башен, трое «больших» ворот, Пятницкие, Ивановские, Косые и трое «малых», Малаховские, Георгиевские, Водяные. Северо-западный и северо-восточный углы крепости со стороны Коломенки и Москвы-реки защищали могучие Коломенская и Свиблова башни. Самая мощная и высокая круглая Свиблова башня контролировала течение Москвы-реки после впадения в неё Коломенки, а также дорогу вдоль северо-восточной стороны крепости к Пятницким воротам. Она достигала в высоту 34,6 м при диаметре 13,8 м. У речки Коломенки дорогу Москва-Рязань контролировала угловая двадцатигранная восьмиярусная Коломенская башня 34,4 м. Она отличаются высоким, расширяющимся книзу цоколем и круглой смотровой вышкой, прежде имевшей два яруса. Башня украшена декоративными машикулями. С ней связано предание о Марине Мнишек, жене Лжедмитрия I и Лжедмитрия II. Польскую авантюристку заточили в этой башне здесь она и умерла, отчего башню называют «Маринкина». Главный въезд в кремль вёл через восточные Спасские, или Пятницкие ворота стоявшие на дороге Владимир-Кашира у моста через Москву-реку. Они представляли собой трёхярусную проездную башню высотой 28 метров, увенчанную дозорной вышкой с «всполошным» колоколом. К ней пристроена отводная стрельница. В проездной арке помимо дубовых ворот имельсь три герсы. На юго-западе кремля находились Ивановские ворота, напоминавшие Пятницкие, высотой 33,5 м. Они также имели отводную стрельницу и решётки-герсы. На изломе крепостной стены к югу от Коломенской башни стоит пятиярусная Грановитая башня, шестигранная с внешней стороны, но прямоугольная с внутренней. Однотипные шестиярусные Ямская, Спасская и Погорелая башни на восточной стороне четырёхгранные. Их высота от 20 до 24 м, толщина стен до 4,5 м. Они были снабжены бойницами подошвенного, нижнего, среднего и верхнего боя. С внутренней стороны кажная из четырёхугольных башен имела отводную башню на уровне боевого хода стен. На западной стороне Кремля между Свибловой и Коломенской башнями находилось. вероятно, шесть башен, не сохранившихся до наших дней. На Москву-реку выходили Водяные ворота, рядом распологалась Тайницкая башня, получившая название от тайника, подземного хода к воде. Черёхгранные Косые ворота имели Г-образный проход. Своё название они получили по Косой горе, на которой располагались. Мельничные ворота, через которые дорога вела на противоположный берег Коломенки к мельнице, имели надвратную башню, позже разобранну. Между Грановитной и Коломенской башней в прясле стены находилась проездная арка — Малаховские ворота, впрочем, заложенные уже во второй половине 16 века.
В августе 1531 года сооружение коломенского кремля было завершено. Построенный по образцу Московского, он лишь немного уступал ему. Лишь к 17 веку, когда границы государства переместились далеко на юг, крепость потеряла оборонительное значение. В 1606 году город захватили войска Ивана Болотникова. В Смутное время он неоднократно подвергался разграблению польско-шведских захватчиков. Тем не менее Коломна полностью оправдала своё предназначение и стала символом неприступности русского государства. Степняки ни разу не сумели в открытом бою овладеть этой твердыней, являвшейся надёжным щитом Москвы с юга.