Строилась колокольня с 1789 года по 1799 год. Во втором ярусе колокольни размещалась церковь во имя святителя Николая, освященная в 1806 году. Николаевская церковь восстановлена и освящена в 2013 году, восстановление колокольни полностью завершено в 2014 году.
После закрытия монастыря все колокола были сняты. До сих пор неизвестно, где находится большой колокол. Есть версия, что он был затоплен на дне реки Сатис. На колокольне были установлены часы-куранты, изготовленные оружейных и часовых дел мастером Кобылиным из Тулы. Курантный звон исполнял мелодию «Кто избежит тебя, смертный час?». Минутный колокол напоминал о скоротечности земной жизни. Старинный механизм не сохранился и долгое время на колокольне были установлены просто часы, без боя, которые приводились в действие механизмом 1961 года. Сама колокольня в советское и постсоветское время служила теле трансляционной башней. Только в 2012 году с колокольни были сняли технические площадки и трансляционное оборудование, а затем установлен новый купол.
В декабре 2013 года была освящена восстановленная надвратная церковь Николая Чудотворца 1806 года. Богослужение возглавлял митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий. Храм предстал во всей красе. Были разобраны чужеродные конструкции, в том числе этажные перекрытия советского периода, заменены инженерные сети и установлены новые оконные блоки. Проведен капитальный ремонт. Церковь не только отреставрирована, но и заново расписана, поскольку прежняя роспись была практически полностью утрачена. Стиль для росписи выбран академический, как и в Зосимо-Савватиевском храме.
В 2014 году в ходе восстановительных работ были открыты Святые врата и найдена сохранившаяся роспись. В Советское время там был устроен фальшпотолок, а полукружья арок с западной и восточной стороны застеклены как окна. Когда убрали все лишнее, открылся свод с хорошо сохранившейся росписью монастырского времени, орнаменты и христианские символы. А по бокам, над дверными проемами, остатки сюжетной росписи. Сюжеты пострадали от огромных балок перекрытий, но большая площадь росписи уцелела.
В апреле этого же года на колокольню были подняты колокола для воссозданных курантов и горожане вновь услышали мелодичный бой часов. К августу 2014 года колокольня полностью приобрела исторический вид.
