Колокольня построена 1838–1841 году по заказу настоятеля Фотия, но уже после его смерти. Работы спонсировала дочь графа Орлова, единственная наследница большого состояния. Проект разрабатывал известный зодчий Карло Росси. Руководил возведением архитектор Соколов. Интересен тот факт, что Николай Первый не одобрил проект в первоначальном виде. Он приказал убрать средний ярус, чтобы Новгородская звонница «не возвышалась бы» над столичной колокольней Ивана Великого. Сейчас её высота составляет 52 метра.
Раньше колоколов на башне было больше. На самом верхнем, четвёртом ярусе, находились часы, соединённые с ними семнадцать колоколов вызванивали «который час». Они располагались ярусом пониже относительно часов. Ещё пятнадцать колоколов были ещё пониже. Самый-самый огромный колокол — набат имел массу больше 33 т. Он назывался «Неопалимая купина». Другой «Крест» имел массу 18 т 200 кг. Он был вторым по размерам. Сейчас на верхнем ярусе смонтированы антенны для мобильной связи. Последний раз здание колокольни реставрировали в 2009 году.