Построенная в 1715 году каменная колокольня Спасо-Геннадиева монастыря была трехъярусной. В первом этаже ее располагались две 10 кладовые палатки, под которыми был устроен теплый погреб. Во втором находилась церковь Корнилия Комельского, которая после 1804 года была перенесена в теплую трапезную, пристроенную к соборной церкви с западной стороны. Освободившееся помещение было приспособлено под архив. Над церковью располагался третий открытый ярус звона, где помещались семь колоколов, а также излюбленный атрибут того времени «боевые часы». Шатровое покрытие колокольня было деревянным на стропилах, между двумя слоями тесовой кровли прокладывалось широкое полотнище бересты. Над шатром устанавливалась главка, покрытая сначала деревянным лемехом, а позже опаянная белой жестью. Над главкой, крест железный позолоченный. К каменной колокольне примыкала деревянная паперть, в которой была устроена лестница для подъема в церковь и выше, на ярус звона. Длина колокольни с папертью составляла 6 саженей, а ширина 4 сажени. Высота паперти с кровлей достигала 6 саженей, а высота всей колокольни с шатром, 18-ти. Такой колокольня оставалась до 1830 года, когда было принято решение о ее перестройке, которое не ограничилось заменой деревянного завершения каменным, а придало всему сооружению совершенно новый облик. Какие же работы были проделаны в период с 1831 по 1835 год? Прежде всего, деревянный шатер был разобран и на его месте над ярусом звона возведены из кирпича еще два постепенно уменьшающиеся в размерах четверика, которые хорошо видны на старой фотографии и сохранились в натуре. Затем, фасады колокольни получили новое декоративное убранство, выполненное в духе архитектуры классицизма. Как видно на дореволюционных изображениях, фасады колокольни разделялись по высоте на четыре яруса. Причем, кирпичные стены первоначальной постройки сохранялись, но изменялись их пропорции. Высота бывшего первоначально невысоким нижнего четверика увеличивалась, его фасады оформлялись классицистическими портиками. До настоящего времени портики не сохранились. Двенадцать колонн были поставлены по три у каждого из углов четверика. Для этого по периметру четверика возводился цоколь шириной 1,2 метра, на который ставились колонны, четыре из которых располагались по углам, а восемь по сторонам четверика. Диаметр колонн составлял 80 см, расстояние между ближайшими колоннами 1,1 метра, удаление от стен колокольни 25 см.
Над нижним четвериком колокольни Спасо-Геннадиева монастыря располагался сохранивший стены первоначальной постройки восьмерик, декоративное убранство фасадов которого кардинально менялось. Из восьми арок звона оставлялись лишь четыре, остальные, располагавшиеся над углами четверика, закладывались кирпичом, фасады декорировали, подобно нижнему ярусу, двенадцать колонн, поставленные по три с каждой из четырех сторон. Три верхних яруса колокольни дошли до нашего времени без существенных изменений, утрачено лишь их завершение. Как видно на старой фотографии, верхний четверик имел четырехгранное куполообразное металлическое покрытие, напоминающее по форме колокол, над которым устанавливалась небольшая главка в форме вазона с восьмиконечным позолоченным крестом над ней.
В настоящее время колокольня расположена в угловой юго-западной части Спасо-Геннадиева монастыря, в 35 метрах к юго-западу от соборного храма. Прием постановки колокольни отдельно от соборного храма был широко распространен подобным образом, в частности, решалась звонница Спасо-Преображенского монастыря в Ярославле, а также колокольни Ипатьевского, Авраамиево-Городецкого монастырей и других. Две самые ранние каменные постройки монастыря возводились не одновременно, первым в середине XVII века был выстроен каменный соборный храм, колокольня же еще более полувека оставалась деревянной. И лишь в петровское время, в 1715 году, она была возведена из кирпича, и стала вторым каменным зданием в монастыре.