Последними строениями Раифской пустыни были колокольня с надвратной церковью во имя Архистратига Божия Михаила и Троицкий собор. Строительство колокольни было начато в 1889 году на средства и по подряду известного казанского благотворителя Михаила Тимофеевича Атлашкина.
По преданию построение часовни было ознаменовано особым знаком благоволения Божия, один из иноков видел над местом предполагаемого устроения часовни простирающуюся из светлого облака благословляющую длань, другие в это же время слышали колокольный звон по смерти Филарета, предположительно в 1659 году, погребенного в Спасо-Преображенском монастыре, за благословением на основание монастыря к Казанскому владыке от лица иноков обратился монах Фаддей. Митрополит Казанский и Свияжский Лаврентий благословил это благое дело, прислав к отшельникам для устроения святой обители опытного казанского иеромонаха Савватия. В 1662 году была построена первая деревянная церковь во имя свт. Евфимия, архиепископа Новгородского. Одновременно возводилась стена с двумя надвратными храмами, один из которых, в честь преподобных Отец в Синае и Раифе избиенных, дал название и самой обители — Раифская пустынь.
