В Коренной пустыни, возникшей в 1597 году, на протяжении ХVI-ХVII веков все строения обители были деревянные. В начале ХVIII века в пустыни начинается каменное строительство. Но сведений о постройках того периода сохранилось довольно мало. Известно, что каменный Богородице-Рожденственский собор был построен в обители в 1703 году на средства Боголепа Сухочева, вместо двух поочерёдно сменяемых друг друга деревянных церквей, одна из которых была сожжена в 1611 году во время польско-литовского нашествия, а другая разобрана за ветхостью. В 1708 году возводятся каменные врата и надвратный храм Преображения Господня.
В описи Знаменского монастыря 1733 года о Коренной пустыни сказано: «На колокольне часы железные, при них семь колоколов из них часовой в 1 пуд». В 1765 году в монастырь были перевезены большие «боевые» часы из упразднённой Карповской Троицкой пустыни. Шло время, монастырь к тому периоду стал известен далеко за пределами Курского края. Сюда потянулись паломники. В обитель стали поступать большие средства за счёт жертвователей. Пришло время возводить новые постройки, перестраивать здания и существующие уже храмы. Так в 1852-1860 гг. на месте старого собора по проекту архитектора Константина Андреевича Тона сооружается большой кирпичный шестистолпный собор в господствующем тогда русско-византийском стиле. Будучи возведённым, Богородице-Рождественский собор органично принял роль архитектурной доминанты всего монастырского ансамбля и вызывал заслуженное восхищение паломников. Пришло время, «под стать собору», возвести и нарядную колокольню.
Нынешняя колокольня над святыми вратами появилась в монастыре в настоятельство архимандрита Серафима (1852-1862). Высотная доминанта была выстроена уже к 1860 году, на третьем ярусе которой были укреплены часы с боем. Венчал её шатёр с позолоченной главкой и крестом. С постройкой колокольни и прилегающих к ней зданий оформился западный фасад монастыря. Выдержанная в одном стиле с собором, она стала подлинным украшением обители, как отзывался о ней дореволюционный путеводитель по монастырю.
После Октябрьской революции новая власть изъяла из монастыря все ценности. В 1924 году обитель закрыли. В период с 1924 по 1926 год взорвали главный собор, сбросили с колокольни все колокола и увезли их в неизвестном направлении, успели разрушить почти все церковные здания, в том числе знаменитые «сходы». Высотную доминанту монастыря — колокольню, строители новой жизни тоже посчитали лишней, разрушив два верхних яруса. На оставшихся ярусах обустроили смотровую площадку. В конце 20-х годов территорию монастыря заняла воинская часть. В 1930-х годах здесь разместился санаторий «Свобода» для туберкулёзных больных, потом костно-туберкулёзный детский санаторий.
С 1989 года начинается возрождение пустыни из руин. В 1990 году в первозданном виде были отреставрированы въездные врата обители, а в 1991 году восстановили и колокольню под ними в полном соответствии со старым проектом. В 2009 году входные ворота и арка ворот были украшены росписями на религиозные сюжеты.
