Первое упоминание о храме можно найти в «Историко-статистическом описании церквей и монастырей Рязанской епархии» (Том 1. 1884. С. 192-193): «Село Клишино, церковь Богородицерождественская, в 22 верстах от уездного города Зарайска. Клишипо в качестве пустоши в приправочной книге 1616 г. значится старою вотчиною Масловых. Церковь упоминается в окладной книге 1676 г., в приходе этой церкви значится 16 дворов, в том числе один боярский, а церковной земли и покосов — нет…
Существующая ныне в том селе каменная Богородицерождественская церковь с приделом в честь Всех Святых, построена в 1746 г. По штату 1873 г. церковь значится приписною К.С. Протасову».
Что касается архитектурного облика, церковь была пятикупольной, с небольшой колокольней. Также известно, что здание церкви делилось на две части: летнюю и зимнюю. В летней части богослужения совершались преимущественно летом, так как отапливалась только нижняя часть, где в остальное время года и проходили службы. В летней части (четверике) находился основной престол, освященный в честь Рождества Богородицы.
В 1930-е годы храм был закрыт, и по указу советской власти его хотели взорвать и разобрать на кирпич, но жители села не дали этого сделать, после чего он использовался как склад и сельский рынок. Но через некоторое время склад был из здания церкви выселен. И в конце концов храм никак не использовался и разрушался.
В 1998 г. храм был возвращен Русской Православной Церкви, и через год начались восстановительные работы. Совершались богослужения по праздничным дням. С августа 2000 г. указом митрополита Ювеналия в Богородицерождественскую церковь был назначен постоянный священник.
Вольное обращение с историческими формами памятника стало обычным делом при восстановлении сильно повреждённых за годы запустения храмов. Обычно выбираются наиболее простые способы быстрого приведения храма в порядок. Тут возможны варианты — вовсе не возиться с руиной, снести её и заменить новой постройкой; полностью замаскировать её, обстроив новой «оболочкой» из современных материалов и, чаще всего выбираемый — провести элементарный хозяйственный ремонт, уничтожив сложный фасадный декор и прочую деталировку, приблизив тем самым здание к примитивной коробке, которую легко штукатурить и красить. Церковь Рождества Пресвятой Богородицы в Клишине — реальный пример изуродованного памятника архитектуры. Храм достойно представлял архитектуру московского узорочья конца ХVII века, сохраняя даже в заброшенном состоянии довольно развитый декор фасадов. Сейчас все детали сбиты, коробка здания ровно оштукатурена, приделаны новое пятиглавие и колокольня.
