Основан в 1765 году старообрядцами, переселившимися на Стародубье после разгрома известного центра старообрядцев в слободе Ветка. Тогда же здесь поставили вывезенную из Ветки деревянную церковь Покрова, около которой и был создан старообрядческий монастырь.
Официально Климовский Покровский монастырь получил свой статус 22 апреля 1768 года. Губернская канцелярия выдала соответствующий ордер.
Находясь в окружении населённых старообрядцами слобод, он вскоре завоевал большую известность и стал именоваться «всей России Лаврою».
Все постройки монастыря до XIX века были деревянными. В центре стоял Покровский храм с пристроенной к нему в 1772 году тёплой Никольской церковью «наподобие трапезной». Рядом находились кельи, дом настоятеля и богадельня, окружённые забором.
3 января 1848 году Покровский старообрядческий монастырь был обращён в единоверческий и ещё очень долго сохранял своё влияние. По воле императора он был возведён в число штатных обителей 1-го класса.
В XIX веке сооружён каменный Покровский собор, а во второй половине столетия — тёплая церковь и ограда. В результате сложился сравнительно небольшой комплекс построек, обнесённый трёхметровой кирпичной стеной.
После революции 1917 года у монастыря были отобраны все его владения. С 1919 года на его территории располагалась детская колония, а впоследствии стала функционировать Климовская школа-интернат. В 1922 году произведена конфискация церковных ценностей. По сохранившимся воспоминаниям местных жителей, государству отошли 24 пуда серебра, 3-4 пуда золота, в том числе золотая чаша весом в 8 фунтов. В 1923 году монастырь был окончательно закрыт.
За годы советской власти часть построек была разрушена или перестроена, ограда разобрана. В постройках располагались детские воспитательные учреждения и совхоз.
К концу XX века сохранились лишь собор, тёплая церковь и ряд перестроенных служебных зданий.
В 2000-х годах на территории бывшего монастыря началось восстановление разрушенных строений. В храме Святителя Николая Чудотворца стали проводить церковные службы.
В 2006 году часть раннее принадлежащих Покровскому монастырю зданий была передана Русской Православной Церкви.
Образовалась монашеская община, монастырь был возрождён как подворье Казанской Площанской Богородицкой пустыни. Проводились ремонтно-восстановительные работы, территория облагораживалась.
С 16 по 18 октября 2013 года здесь побывала специальная комиссия Синодального отдела по монастырям и монашеству для рассмотрения вопроса об открытии мужского монастыря в селе Покровское Климовского района Брянской области.
9 августа 2017 вновь прибыла комиссия Синодального отдела по монастырям и монашеству и дала согласие на открытие монастыря.
8 октября на заседании Священного Синода было принято решение об открытии Климовского Покровского мужского монастыря и назначении на должность игумена монастыря иеромонаха Фотия (Жеребцова).
Братия монастыря в настоящее время включает одного иеромонаха и четырех послушников. В отремонтированной Никольской церкви ежедневно совершаются богослужения. Интенсивно ведется ремонт Покровского собора.
