Уникальна и неповторима история этого храма, единственная для Эстонии. В совсем недалёком прошлом в нём одновременно совершали свои богослужения католики, лютеране и православные. В 1940 году православный и лютеранский приходы Кивиыли были вынуждены перейти в небольшое деревянное здание католического костёла, в связи с национализацией имущества (здание православного храма было передано под библиотеку). Со временем католический приход прекратил своё существование, и в храме продолжали совершать богослужения православные и лютеране. В 1962 году в храме был установлен иконостас из закрытой церкви Александра Невского г.Хаапсалу. Лютеранский престол только на время богослужения устанавливался перед иконостасом. В 1972 году храм пострадал от пожара и был вновь освящен совместно православными и лютеранами. Чин малого освящения возглавили митрополит Алексий (Ридигер) и архиепископ Альфред Тооминг. Церковь была также обложена белым силикатным кирпичом. После ухода лютеранского прихода в собственный храм, церковь была вновь освящена полным чином в честь Покрова Божией Матери 22 июля 1995 года. В настоятельство прот.Александра Илюхина к храму была пристроена трёхъярусная колокольня, и храм приобрел полноценный вид церкви.
