Монастырь располагался на на острове Селезневе (первоначально назывался Нелезен), образуемом двумя рукавами Малого Волховца.
Монастырь был основан в XII веке при зимней дороге на Москву, которая начиналась от Славковой улицы. Каменный храм был возведен в 1196 году, о чем имеется летописное описание: «Заложиста церковь камену святого Кирилла в монастыре в Нелезени Костянтин и Дмитр, братеника (а мастер бяше) Коров Якович с Лубяней улице, начаша ю делати априля, сконцяша июня в 8, на святого Прокопия; и святи ю владыко Мартурии генваря в 12, и бысть радость крестианом, а Костянтину и Дмитру вечная память».
Таким образом, Коров Якович — вместе мастером Петром, строитель Георгиевского собора в Юрьеве монастыре — один из двух известных по имени Новгородских архитекторов домонгольского времени, сохранённые письменными источниками.
Кирилловский монастырь, как и многие другие постройки в окрестностях Нередицы, претерпел многочисленные пожары, разорения и перестройки. В 1754 году церковь была разобрана по нижние окна, надстроенный древний объем храма был увенчан пятью главами и получил четырехскатное завершение. К 1750-м годам относилась Покровская каменная церковь монастыря.
21 января 1785 или 1787 года нетленные мощи преподобного Арсения Новгородского, юродивого, были перенесены в Кириллов монастырь и положены в соборной церкви, которая в то время имела посвящение во имя святителей Афанасия и Кирилла Александрийских. В храме был устроен и освящен в сентябре 1793 года придел во имя преподобного Арсения.
Во время Великой Отечественной войны, в августе 1941 года, немецкие войска превратили монастырь в укрепленную крепость, откуда их пришлось выбивать с большими потерями. Впоследствии храм был разрушен огнем немецкой артиллерии. Серьезного обследования здания до его уничтожения не проводилось. На начало XXI века на месте монастыря был задернованный холм, поросший кустами и деревьями.
Кирилловская церковь по плану и объемно-пространственному решению была близка Спасу на Нередице. Сохранявшиеся в нижних частях стен и столбов фрески свидетельствовали о том, что храм был расписан, но в какое время неизвестно. Покровская церковь была одной из немногих в Новгороде памятников в стиле «нарышкинского барокко» — ближайшей аналогией ей является Новгородская церковь Георгия на Торгу.
https://drevo-info.ru/articles/25267.html