Монастырь получил свое наименование в честь святителей Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских. Обитель эта имеет две уникальные особенности, это самый последний по времени основания и единственный мужской монастырь в Ярославле. Основана обитель была в 1615 г., вскоре после Смутного времени, когда в Россию вместе с польскими захватчиками активно проникал католицизм. Возведена обитель на месте приходской церкви, освященной в честь этих же святых. Непосредственной причиной открытия обители послужило обретение чудотворного образа Нерукотворного Спас в 1612 г. Существует «Сказание о иконе Господа нашего, Иисуса Христа, нерукотвореннаго образа, называемаго обыденнаго, иже есть во граде Ярославле, на Ильине улице, близь монастыря Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских», которое повествует о том, что «еще до воцарения Михаила Федоровича без мала за год» в часовне рядом с деревянной церковью Афанасия и Кирилла была обретена чудотворная икона Спаса Нерукотворного, «и вот сия-то часовня, как киот прославленной святыни и чудотворений, послужила впоследствии к устроению монастыря». В конце марта 1612 года для окончательного сбора сил в Ярославль прибыло народное ополчение во главе с князем Димитрием Пожарским и Козьмой Мининым. От большого скопления войск в городе началась моровая язва и многие люди умерли. И тогда обратились жители к «бывшему соборныя церкве Успения Пресвятыя Богородицы протопопу Илье» с просьбой учинить крестный ход с иконой Толгской Богоматери. Во сне протопопу Илье явился Спаситель и повелел вознести вместе с прочими икону, которая хранилась в забвении в часовне близ церкви святителей Афанасия и Кирилла. Но когда Илья проснулся и нашел в часовне икону, то не увидел на ней ни пылинки. Засомневался священник, но когда он уснул, опять явился Господь и повелел ему «без сумления сию икону оттоле взяти, и с нею по граду ходити, и с молебным пением совершати литии», что Илья и сделал с великим рвением, объявив о происшедшем Минину, Пожарскому и всем людям, собравшимся на соборной площади. Во время Крестного хода произошло первое чудо, исцеление слепого, просившего милостыню. Второе чудо от этой иконы произошло, когда Крестный ход на обратном пути поравнялся с часовней, где прежде находился образ, люди несшие икону никак не могли двинуться с места. Пораженные этим чудом крестоходцы решили поставить на этом месте в честь иконы Спаса церковь, срубив и освятив ее в один день, «обыденную». На освящении церкви Мининым и Пожарским был приглашен Ростовский митрополит Кирилл Завидов. После этого события моровое поветрие в городе прекратилось, а воодушевленное ополчение совершило свой беспримерный поход на Москву для спасения нашего Отечества. В 1615 г. земский староста Гавриил Мякушкин при поддержке «других усердных ревнителей святого дела» обратился все к тому же митрополиту Кириллу за благословением к основанию обители на священном для горожан месте, где была обретена икона. Митрополит, видя желание их и прозревая на то Божию волю, благословил создание иноческой обители, дабы на месте сем в трудах, постах и молитвах прославлялось святое имя Господне в благодарность и память о Его великом благодеянии для Руси бывшим. Царь Михаил Федорович весьма благосклонно относился к обители, которая была основана вскоре после его восхождения на престол. Монастырь получил во владение три деревни, рыбные ловли на озере Ущемер, а также налоговые льготы. В грамоте царя Михаила Федоровича от 1619 г., значилось, «в тот Афанасьевский монастырь нашего жалованья, руги денежной и хлебной, нет, и на свечи и на ладан и на вино церковное не идет ничего же, и для того дано им под мельницу место на Ярославской и Романовской стороне. А что они лесу и дров повезут по Волге и по Мологе и по Шексне на монастырский обиход, и с того лесу мыту и пошлин имати не велено». Обитель была наделена и другими льготами, с монастырских вотчин «никаких податей и денежных всяких поборов и казачьих хлебных запасов и кормов с сошными людьми не давати, опричь ямских денег и стрелецких хлебных запасов и городового и острожного дела», монастырские крестьяне освобождались также от суда «опричь душегубства и разбоя и татьбы с поличным», право суда оставалось только за государем и за игуменом «с братьею». Кроме того, монастырь освобождался от постоя князей, бояр, воевод и ратных людей, а если кто на пир или братчину «придет пить незван, и они того незваного сошлют с двора беспенно, а не послушает и не пойдет вон и учнет у них пити силно, а учинится у них в том пиру какая гибель, и тому незваному за гибель платить вдвое без суда и без правды». По второй грамоте, от 7 мая 1623 г., обители пожаловали владения под Ярославлем, в закоторосльной стороне, деревни Иваново, Ковшово, Дикуши с 227 душами крестьян, а также рыбные ловли на озерке Ущемер и «пустыньку», где велено было устроить церковь Параскевы Пятницы и «пение уставити». В 1627 г. царю Михаилу Федоровичу была отправлена челобитная старца Варфоломея, строителя Афанасиевской обители, о том, что из монастырских людей двоих насильно взяли в целовальники «на кабаки». Служба целовальников не оплачивалась и по сути являлась обременительной повинностью. В ответ на челобитную пришла царская грамота, по которой впредь монастырских людей «в целовальники имать не велели». Ранние монастырские постройки были деревянными, обитель не раз в XVII в. выгорала в пожары. В древней летописи существует запись, что в 1658 г. «монастырь Нерукотворенного образа нашего Иисуса Христа, Афанасиевский именуем, весь погоре». Она свидетельствует о несомненной связи обители с обретенным в часовне образом Спасителя. Первую каменную церковь обители во имя Афанасия и Кирилла возвели по благословению ростовского митрополита Ионы Сысоевича в 1664 г. По окончании строительства храм был украшен росписями, над которыми работали мастера, вызванные из Москвы. В пожаре 1670 г. обитель вновь пострадала. В 1676 г. к северному фасаду соборной церкви пристроили теплый храм с колокольней, посвятили его святителю Алексию, митрополиту Московскому. Территория монастыря была небольшой и обнесена невысокой каменной стеной только с восточной и северо-восточной стороны, с других сторон ограду монастыря заменяли «надворные строения обывательских домов и церковь Спасо-Пробоинская». По парадному восточному фасаду обители, выходившему на Пробойную улицу, еще в XVIII в. соорудили две небольшие каменные башни, одна из которых служила Святыми воротами, в другой была устроена часовня в память о важном событии, обретении чудотворной иконы Спаса Нерукотворного. В 1764 г. в Афанасьевский монастырь поступила утварь из упраздненной Александровой пустыни под Рыбной слободой, в 1773-м игумен обители был пожалован участием в ежегодном ношении из Югской Дорофеевой пустыни чудотворной иконы Югской Богоматери в Углич, Рыбную слободу и Мологу. Указом императрицы Екатерины II от 31 марта 1764 г. Афанасьевская обитель была причислена к заштатным, «ни в каком классе не состоит, но имеется… в числе оставленных на свое содержание монастырей». 25 июня 1768 г. в центральной части Ярославля снова случился пожар, после которого был составлен перечень причиненного ущерба. От огня пострадали оба храма игуменские и братские кельи, кухня, конюшня, каретник, баня, погреба, ограда. «Всего во оном Афанасьевском монастыре погорело и разломано на 1000 руб.» сообщается в данном перечне. Во время восстановительных работ после пожара 1768 г. была поновлена живопись церкви св. святителей Афанасия и Кирилла, ее первоначальный каменный иконостас заменен деревянным. В 1820-1830-х г.г. в монастыре велись значительные работы по его благоустройству, «в связи с северной стеной» были сооружены каменные двухэтажные настоятельские покои с прилегающей к ним трапезной палатой, «в связи с восточной оградой», две братские кельи, около 1825 г. для церкви Афанасия и Кирилла выполнили новый иконостас, в 183-м теплый храм был «распространен и по местам украшен живописью», росписи в нем исполнил живописец Тимофей Медведев. Тогда же монастырю передали 115-пудовый колокол из упраздненного Борисоглебского прихода, всего ансамбль колокольни состоял из семи колоколов. 12 декабря 1857 г. император Александр Николаевич утвердил определение Святейшего Синода о возведении Афанасиевского монастыря в степень третьеклассной обители, с этого времени ее настоятели имели сан архимандритов. С 1895 г. Афанасиевский монастырь стал резиденцией викарного епископа Ярославской епархии. Самые значительные работы по благоустройству обители велись в XIX в., когда были построены настоятельские покои, братские кельи, обновлены иконостас и росписи святительского храма. Самым щедрым благотворителем обители был Иван Александрович Вахромеев, на средства которого в обители неоднократно проводился капитальный ремонт. Вновь Афанасиевский монастырь подвергался перестройкам в конце XIX — начале XX в., в 1897 г. были возведены каменные погреба, сарай, каретная, конюшня, баня, в 1903 и 1907 г.г., на средства Ф.Е. Вахромеева проводились ремонтные работы в соборной церкви, в 1912-м — на пожертвования А.И. Вахромеева настенную живопись храма поновлял известный художник и реставратор М.И. Дикарев. Каждый год 2 мая в день памяти Афанасия Александрийского из ярославского кафедрального Успенского собора в монастырь совершался крестный ход. Обитель была широко известна среди православных христиан, поэтому ее храмы были постоянно наполнены молящимися. Драгоценным сокровищем обители, достойным «благочестивого чествования», являлась частица мощей Кирилла, архиепископа Александрийского, которая сохранялась в монастырской ризнице в серебряном ковчежце. В теплом храме почитался образ Алексия, митрополита Московского, в богатой серебряной ризе, устроенной в 1857 г. Среди святынь, которые хранились в храме в честь образа Спаса Нерукотворного, можно назвать антиминс, преподанный во время освящения каменного храма святителем Димитрием, митрополитом Ростовским в 1705 г. Особо почитался Образ Нерукотворного Спаса, остававшийся невредимым в многократных пожарах, которым подвергалась Спасопробоинская церковь. Икону находили на пепелище не тронутую пламенем. В послереволюционные годы при Афанасьевском монастыре и Знаменской церкви, приписанной к монастырю, была зарегистрирована приходская община. В эти годы лихолетья Господь явил подвиги исповедничества и святости среди насельников обители. Русской церковью канонизированы священномученик Вениамин Воскресенский епископ Романовский, бывший настоятелем обители в 1921-1922 г.г, скончавшийся в ссылке в 1932 г., преподобномученик иеромонах Алексий Задворнов, бывший насельником монастыря с 1912 г. до закрытия, расстрелянный в 1937 г., священномученик иерей Михаил Зеленцовский, служивший в монастыре псаломщиком, расстрелянный в 1937 г. Пока не прославлен во святых священномученик Кирилл Соколов, епископ Любимский, бывший настоятелем в 1922 г., расстрелянный в 1937 г. В феврале 1925 г. монастырь закрыли, часть «ветхого культового имущества» передали в церковь Спаса на Городу и ряд других храмов, территорию монастыря отдали обществу слепых и инвалидов. Из разграбленного большевиками Спасо-Пробоинского Храма чудотворный образ Нерукотворенного Спаса был перемещён в Ярославские реставрационные мастерские в 1930 г. Тогда же он был идентифицирован и описан известным художником реставратором Н.И. Брягиным, и почти на 90 лет беззвестно канул в музейных хранилищах. В 1930-х г.г. городские власти разобрали монастырскую колокольню, в храмах и кельях братии были устроены различные предприятия, в частности, там находилось щеточное производство, делались веревки и корзины. В бывших кельях проживали семьи слепых вплоть до 90-х г.г. XX в. Впоследствии слепых переселили в другие места, в храмах было организованно производство мебели, для нужд учреждений культуры, а бывшие монастырские постройки отдали под жилье горожанам, которые их вскоре приватизировали. Многое пришло в неузнаваемый вид, разрушены колокольни обоих храмов, внутри сделаны перестройки и перегородки, росписи закрашены краской, от былого величия ничего не осталось. С тех пор и до недавнего времени территория этого святого места была практически отхожим местом. В мае 2007 г. два храма и некоторые другие постройки были переданы Ярославской епархии. По благословению архиепископа Ярославского и Ростовского, Кирилла храм святителей Афанасия и Кирилла стал семинарской церковью. К семинарии был приписан и Спасо-Пробоинский храм. Когда в храмы пришли верующие, они нашли их в ужасающем состоянии, окна и двери были выбиты, всюду громоздились груды мусора. Под руководством администрации Семинарии в храме стали вести восстановительные работы. После долгих месяцев упорного труда придел, освященный в честь святителя Алексия, митрополита Московского, стал пригоден для богослужения. Первая служба в возрожденном храме состоялась 31 января 2008 г. и проходила архиерейским чином, ее возглавил архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл. С этого срока начался отсчёт новый жизни обители. В 2009 г. было принято решение Святейшего Синода, о воссоздании мужского монастыря с названием «Кирилло-Афанасиевский». Богослужения ведутся здесь по монастырскому уставу. Теперь можно увидеть и церковь Афанасия и Кирилла. Много лет она стояла закрытой. На стенах проглядывают фрагменты фресок 17 в., в основном, плотно закрытые слоями штукатурки. В 2010 г. удалось частично отремонтировать кровлю и укрепить фасад храма. Закончено строительство ограды с башнями. Еще летом 2010 г., после того как упала «Спасская» башня, всю стену пришлось разобрать по кирпичику и из того же кирпича соорудить новую. 29 января 2011 г. в Кирилло-Афанасьевском монастыре состоялась торжественная встреча иконы Нерукотворного Спаса, возвращенной из Троицкого храма поселка Смоленское. Настоятель и прихожане этого храма передали икону Спасителя с надеждой на духовное возрождение обители. Для встречи иконы в Святых вратах монастыря собралось большое количество ярославцев. В святую обитель вновь вернулась икона Спасителя, чудотворный список с древней святыни. Знаменательно что, что событие это произошло накануне Престольного праздника, святых святителей Афанасия и Кирилла патриархов Александрийских. Это явный знак милости Божией не только к монастырю, но и к древнему городу Ярославлю. 28 января 2012 г., накануне Престольного праздника святителей Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских, была принесена частица святых мощей святителя Афанасия, одного из покровителей святой обители. Вскоре обители была дарована частица святых мощей патриарха Кирилла Александрийского. В 2012–2014 г.г. силами потомков рода Вахромеевых: протоиерея Георгия и его сыновей был воссоздан иконостас придела преподобного Серафима Саровского. В 2016 г. к монастырю приписана часовня святого благоверного великого князя Александра Невского. 30 марта 2017 г. в Кирилло-Афанасиевском монастыре был совершен первый за последнее столетие монашеский постриг в братию. В 2017 г. началась масштабная реставрация обители. Удалось воссоздать ранее утраченные купола Спасо-Пробоинского храма, колокольню церкви Афанасия и Кирилла, были проведены работы по гидроизоляции и укреплению фундаментов, капитальный ремонт и вычинка внешних стен. Были воссозданы южные Воскресенские ворота. В конце марта 2018 г. были освящены и подняты на колокольню храма Афанасия и Кирилла новые колокола. Поиск пропавшей в годы лихолетия чудотворной иконы занял около полугода. За это время была исследована огромная масса архивной и музейной информации. В результате были обнаружены протоколы Н.И. Брягина 1930 г., информация из которых была сопоставлена с имевшимся описанием икон из каталогов Ярославских музеев. Внимание исследователей привлекла одна икона из описи Ярославского художественного музея, данные которой весьма точно соответствовали найденным документам 1930 г. Последовало обращение к руководству Художественного музея. В результате выяснилось полное совпадение описания с музейной иконой. За 88 лет чудотворная икона Нерукотворенного Спаса ни разу не была показана ни на одной выставке, не была в экспозиции и не реставрировалась. Икона была отправлена на экспертизу, которая подтвердила ее «возраст», вторая половина 16 в. В настоящее время икона находится в ГосНИИР на реставрации, после чего возвратится в Ярославль. В 2018 г. были обретены честные останки настоятеля монастыря епископа Сергия, могила которого была вскрыта и разграблена в 1981 г. После панихиды в храме они были с честью захоронены на прежнем месте в присутствии его правнучки Елены Воскресенской. В 2019 г. была написана и освящена икона Собора Новомучеников Кирилло-Афанасиевского мужского монастыря. В 2019 г. завершены работы по воссозданию колокольни Спасо-Пробоинского храма и реставрации живописи в Алексеевском приделе храма Афанасия и Кирилла.
