Ежегодный Собор японских православных пастырей в 1896 году обсуждал необходимость возведения в Киото достойного столицы храма… В том же году святитель поручил отцу Симеону подыскивать место для храма. Владыка внимательно следил за подбором и приобретением должного участка, постоянно высылая в Киото телеграммы из Токио. Наконец, после долгого выбора, был подыскан небольшой участок в 270 цубо в известном центральном квартале Норакудо, недалеко от императорского дворца. Несмотря на высокую запрошенную цену — около семи тысяч ен — расположение было столь хорошим, что владыка благословил покупку. 15 (27 н.ст.) февраля 1897 года отец Симеон подписал купчую на церковную землю. Пасху того года прихожане встречали уже в новом церковном доме.
В 1898 году святитель Николай посетил подобранный участок. Приход пошёл в рост и в молитвенном доме вскоре стало тесно для собирающихся слушателей. Посоветовавшись, святитель и отец Симеон решили строить церковь на 500 человек. Владыка Николай лично участвовал во всех этапах возведения храма — выбирал архитектора, просматривал чертежи, советовался со строителями и подрядчиками. Для церкви был избран один из типовых русских планов того времени, архитектором стал инженер Мацумуро Сигэмицу, подрядчиком — Ониси, лучший мастер Киото. В августе 1900 года для расширения храмового подворья был приобретен, несмотря на дороговизну, участок, примыкавший к прежнему. В марте 1901 года святитель Николай Японский посетил место строительства, где задумал также открыть женскую школу.
8 марта владыка в сослужении священников Симеона Мии, Иоанна Оно и Сергия Судзуки совершил чин на основание церкви. В июле 1901 года медная крыша храма была почти готова; шла обшивка тесом и прочие плотничьи работы; дома священника, сторожа, диакона и школы при храме были почти закончены. Строительство и установка железной ограды было завершено в декабре того года; с того же месяца в храме стали совершаться богослужения. Вскоре при церкви была устроена и женская школа под руководством Надежды Такахаси — отец Симеон Мии отслужил молебен перед началом учения 11 февраля 1902 года. В марте того года открылась и приходская воскресная школа. Средства на возведение храма поступали из России. Туда же святитель Николай направил обращения о помощи в благоустройстве церкви. Одним из виднейших благотворителей стал москвич В.Г. Дудышкин. Колокола были заказаны заводу Финляндского в Москве, иконостас — известной московской мастерской Я.Е. Епанешникова, причём художник решил принести свою работу в дар Киотской церкви. Металлические хоругви и священные сосуды поступили от Кремлёвских хоругвеносцев, а парча для облачений священнослужителей — от В.Г. Сапожникова. Из Санкт-Петербурга пришли дары церковной утвари от праведного Иоанна Кронштадтского. Приходили и анонимные жертвы. Малиновый ковёр для храма был выписан из Англии. В конце октября 1902 года были закончены работы над иконостасом, а в феврале 1903 года ящики с колоколами и разобранным иконостасом были благополучно доставлены по назначению. Повреждения на иконах были исправлены иконописицей Ириной Ямасита.
26 апреля святитель Николай Японский совершил положение мощей в гранитный престол, а 27 апреля (10 мая н.ст.) 1903 года — возглавил освящение храма. На освящение собралось три православных священника и катехизаторы 18 церквей… В 1905 году, в ходе Русско-Японской войны, в Киото были размещены русские военнопленные, которые на краткий срок стали прихожанами храма. С 1906 года Киото стало титулярным городом викария Японской кафедры, но на деле епископы не имели постоянного пребывания при храме. Вскоре после того как, из-за революции, материальная помощь из России прекратилась, женская школа при храме была вынуждена закрыться, а прихожане стали содержать священника на свои средства. В 1925 году приход посетил архиепископ Токийский Сергий, собирающий пожертвования на восстановление Токийского собора.
В годы Второй мировой войны Киото избежало разрушительных бомбежек, постигших большинство значительных городов Японии, но храм всё же оказался в опасности. В 1945 году для военных нужд несколько колоколов были сданы государству для переплавки. Тогда же здание храма было представлено к сносу по плану расширения улиц во избежание пожаров при ожидавшихся бомбардировках. Православные киотцы, опасаясь за церковь, разобрали иконостас и распределили иконы и церковную утварь на хранение между собой. Окончание боевых действий спасло церковь и таким образом она оказалась одним из немногих православных храмов эпохи святителя Николая уцелевших в Японии в первоначальном виде. В 1951 году был основано также недолговечное православное Киотское Никольское училище. В 1952 году храм пострадал от тайфуна, но в течении нескольких следующих лет был отремонтирован. В 1953 году приход прошёл государственную регистрацию как юридическое лицо. В 1967 году префектура присвоила храму статус культурного памятника эпохи Мэйдзи.
С учреждением в 1970 году самостоятельной Киотоской епархии храм стал её кафедральным собором. С 1971 года проводились ремонтные работы, а в 1973 году, когда отмечалось 70-летие освящения храма, была сделана пристройка к приходскому дому. В 1986 году администрация города Киото признала храм культурным достоянием, и с 1987 года стала осуществляться программа его реставрации. Вначале заменили старую крышу на медные покрытия. С сентября 1999 по январь 2000 года в храме прошел ремонт пола, внешних и внутренних стен. С мая по сентябрь 2002 года ремонтировался дом для собраний верующих. 8-9 ноября 2013 года в соборе побывала Курская Коренная икона Божией Матери «Знамение», впервые принесённая в Японию делегацией Русской Зарубежной Церкви во главе с архиепископом Сан-Францисским Кириллом.
Деревянный храм с планом в форме креста, с крупной гранёной алтарной апсидой. Основной объём и колокольня увенчаны небольшими куполами. Храм выкрашен в белый цвет. Площадь храма: 217,78 кв. м, глубина — 27 м, высота колокольни с 7-ю колоколами — 22,3 м; вместимость — 600 человек. Архитектурный облик церкви в целом довольно точно соответствует образцовому проекту № 22 из Атласа планов и фасадов церквей, иконостасов к ним и часовен, одобренных для руководства при церковных постройках в селениях (М., 1899). Однако, деревянные капители колонок коринфского ордера являются японским переосмыслением наработок русской каменной архитектуры «высокого стиля». В японской историографии храм называют эталонным для позднейшей японской православной архитектуры. Внутренне убранство собора, включая первоначальный малиновый ковёр, сохранилось почти неизменным с 1903 года. Иконостас работы московского мастера Я.Е. Епанешникова — деревянный, трёхъярусный, отделанный под слоновую кость и золото, с 30 образами, выполненными на металлических листах «в византийском стиле» русской школы начала XX века. Напрестольное Евангелие, напрестольные кресты, священные сосуды получены в Токио в 1900 году — дар праведного Иоанна Кронштадтского. Икона св.мч. Андроника (Никольского) доставлена в Киото в феврале 2004 года, написана русской иконописицей Валентиной Глазовской. Две небольшие иконы свт. Николая Чудотворца переданы в 1905 году — дары русских военнопленных Русско-Японской войны. Престольный праздник — Благовещение Пресвятой Богородицы 7 апреля.
http://www.synod.com/