Деревянный храм Рождества Богородицы срублен в 1658 году. В 1789 году перевезен в Капотню из Екатерининской пустыни Подольского уезда. Разобран на дрова в 1933 году. На его месте часть некрополя.
Рождества Пресвятой Богородицы в Капотне церковь (уничтожена).
Невдалеке от действующей церкви Рождества Пресвятой Богородицы в Капотне еще в 1930-е гг. стояла деревянная церковь, также освященная в честь праздника Рождества Пресвятой Богородицы. Деревянный храм был создан в середине XVII века и имел своеобразное четырехскатное покрытие крыши, необычное для такого рода построек. При большом количестве окон с трех сторон, на северной стене не имелось ни одного окна. Храм был поставлен на каменный фундамент, что и определяло, по-видимому, его удивительную сохранность. Примечательно также то, что первоначально он был построен в другом месте, и только в 1789 г. (или в 1758 г.) был перенесен в Капотню. Традиционно считается, что церковь перенесли из Екатерининской пустыни. Но сохранились сведения, по которым в 1786 г. в село Капотню был перенесен храм из Дубненского Успенского мужского монастыря на Стромыни, упраздненного в 1764 г.
Когда в 1870 г. рядом был построен большой каменный храм Рождества Пресвятой Богородицы, из деревянной церкви в него перенесли иконы XVII века. Храмы стояли бок о бок, пока деревянную церковь не разобрали на дрова.
Михаил Вострышев «Москва православная. Все храмы и часовни».
Существовавшая ранее церковь Рождества Пресвятой Богородицы в Капотне (Копотне тож).
Село Капотня по писцовым книгам 1623 – 24 гг. Московского уезда, Копотенского стана, «вотчина Николы Угрешского монастыря, в селе церковь Рождества Пречистой Богородицы, а в церкви Божией образы, книги, ризы и колокола, все строение мирское – приходных людей…».
В дозорных книгах 1680 г. написано: «церковь в селе Копотне деревянная построена исстари; пашня и сенные покосы у той церкви есть и владеет поп с причетники, а сенных покосов, владеет поп с причетники, на 10 десятин и на ту церковную землю из Патриаршего приказа попу выдана выпись с писцовых книг». 31 августа 1705 г. выдан антиминс, по благословенной грамоте, Московского уезда в вотчину Николая чудотворца Угрешкого монастыря, в село Копотня, в церковь Рождества Богородицы».
В селе Копотне за 1646 г. числилось крестьянских и бобыльских 36 дворов; за 1678 г. – 31 двор; за 1704 г. – 41 двор. При церкви Рождества Богородицы были священники: Иван, Петр Митрофанов, Федот Петров, Александр Иванов, Иван Федотов, дьячки: Степан Иванов, Емельян Иванов, Матвей Петров.
Холмогоров В. И., Холмогоров Г. И. «Исторические материалы о церквах и селах XVI – XVIII ст.» Выпуск 6, Вохонская десятина Московского уезда. Москва, Университетская типография, Страстной бульвар, 1868 г.