1 мая 1774 года по желанию жителей Енисейска и по благословению Варлаама, архиепископа Тобольского и Сибирского, бывшая приходская Гостинодворская праздная деревянная церковь, в связи с построением вместо неё каменной, со всем церковным украшением была перенесена и поставлена на гору за городом, где было тогда кладбище. Эта деревянная церковь на Гостином дворе прежде именовалась Знаменской. В 1774 году она была освящена в честь Успения Божьей Матери. За ветхостью её деревянное строение разобрали и употребили на дрова, так как решено было построить новое — кирпичное.
По благословению архиепископа Варлаама 9 сентября 1793 года была заложена на средства енисейского купца Ефима Трескина новая каменная Успенская кладбищенская церковь. 27 августа 1794 года купцом Петром Трескиным заложен второй этаж церкви. В 1799 году было завершено строительство нижнего этажа и 11 июля того же года Успенская церковь была освящена с прежним антиминсом. Придел верхнего этажа был освящён 17 июля 1818 года во имя святых Первоверховных апостолов Петра и Павла.
В 1826 году епископ Иркутский Михаил заложил тёплый придел с северной стороны от Успенского. 23 ноября 1827 года придел освятили во имя святителя Иннокентия Иркутского. Придел строился на средства енисейского купца 1-й гильдии Александра Кобычева.
25 августа 1843 года освящён второй придел на втором этаже с северной стороны во имя святого благоверного великого князя Александра Невского. Построен он на средства почётного гражданина Енисейска и 1-й гильдии купца Александра Александровича Кобычева.
До 1823 года Успенская церковь была приписной кладбищенской церковью. Облик её в сравнении с другими енисейскими храмами отличает некоторая сухость. Но тем не менее и она весьма красива, близка к общерусским традициям того времени, но с сохранением черт сибирского барокко. Имеется массивная колокольня со шпилем, увенчанная крестом, пять основных куполов и два над алтарями.
1923 году по Енисейску прокатилась первая волна закрытия церквей. В Успенском храме служили: протоиерей Николай Павлович Пикановский, он же благочинный и председатель уездного церковного управления, псаломщик Василий Алекссеевич Бакшаев, иерей Иоанн Вазингер из закрытой Иверской церкви, председателем церковного совета был Александр Анатольевич Колмогоров. В списках прихожан значится 67 учредителей. Всего прихожан 250 человек. Старостой был С. К. Самойлин.
17 апреля 1923 года заключён договор о передаче Успенской церкви общине верующих.
В 1920-е годы в Енисейске на фоне бурных советских преобразований продолжаются богослужения в Богоявленском соборе, Кресто-Воздвиженской, Успенской, Троицкой, Преображенской, Воскресенской, Входо-Иерусалимской и Спасской церквах.
В 1930-е годы началась вторая волна закрытия церквей. И к концу 1930-х были закрыты все церкви Енисейска и все 33 прихода бывшего Енисейского уезда, а также все монастыри Енисейской епархии. В соборе устроили котельную, в Троицкой церкви — гараж, в Воскресенской — цех мехзавода, в Иверской — клуб. В Успенской внизу жили спецпоселенцы, а вверху размещался клуб авиапорта.
В 1937 году в Енисейске расстрелян иерей Иоанн Вазингер — последний священник Иверского монастыря, служивший в Успенской церкви, затем работавший в миру.
В 1937 году с Успенской церкви сняли колокол.
3 июля 1946 года заключен договор о передаче Успенской церкви в пользование прихода Православной Церкви. Первым священником, настоятелем, открывавшим церковь был ссыльный протоиерей Евгений Бобовский. Он служил примерно по 1953 год.
Со стороны горсовета договор о передаче Успенского храма подписан Галиной Михайловной Галимовой. Со стороны Церкви, кроме настоятеля, договор подписан тремя членами церковного совета: исполняющим обязанности завхоза Макаровым, Татьяной Васильевной Гозовой и Любовью Ивановной Новотихаревой. Сохранились имена прихожан: председатель ревизионной комиссии Попищенко Иван Филиппович, Пургина Мария Ивановна, Шомполова Зинаида Ивановна, Солдатова Елена Степановна Елистратова Анна Павловна, член ревизионной комиссии Макаров Николай, Аксенова Татьяна Петровна, Шадрина Марфа Павловна, Жукова Ксения Николаевна, Яричина Фекла Яковлевна, Шадрин Алексей Иннокентьевич, Тараненко Надежда Николаевна, Чепалова Анисия Капитоновна, Чащина Афанасия Иосифовнв, Бредина Мария Андрияновна, Голублев Платон Степанович, Голублева Лукия Михайловна, Ситников Петр Александрович, Ситникова Фекла Гавриловна, Галкина Лидия Антоновна, Алексеевская Анна Васильевна.
Сначала в храме служил один священник Евгении Бобовский, Потом присоединилось из Маклаково ещё двое ссыльных священников-молдаван: Михаил Гордузя и Анатоний Устьян. Ещё служил диакон монах Василий Слемзин.
К 1950 году ремонт собора был более менее завершен и наведен порядок. На колокольне отсутствовал колокол, его не было до 1988 года, не было и восьмерика, крест на небольшом шпиле поставили прямо на полусферу купола колокольни. С самого храма были снесены все семь куполов, полусфера над Петро-Павловским приделом тоже снесена и установлена плоская крыша. Поэтому прямо на плоской крыше и поставили крест. В таком виде простоял храм до 1986 года.
После освобождения от ссылки и отъезда в Ленинград протоиерея Евгения Бобовского в Успенской церкви в первой половине 50-х годов служили священник Михаил Гордузя и о. Антоний. Протодиаконом был о. Симеон. З-4 года работал в Енисейске врачом и ссыльный священник Александр Гурич. Из Енисейска его сослали в п. Фомка около Туруханска. Там он и умер.
После о. Михаила и о. Антония служил около года в Успенском храме бывший красноярский благочинный игумен Иннокентий. После него с середины 50-х годов — священник Николай Корниенко.
К тому времени служил уже в Успенской церкви протоиерей Евгений Сакидон. Где-то с конца 50-х годов по 1965 год стал настоятелем храма сын о. Евгения, рукоположённый в Енисейске о. Всеволод Сакидон.
С 1961 года председателем церковного совета избирается не настоятель, а мирянин. Первым был избран на эту должность Иван Пироженко, воспитанник служившего в начале 30-х годов в Троицкой церкви репрессированного отца Илии Пироженко. 10 лет пробыл Иван Пироженко старостой Успенской церкви. До этого 10 лет он был председателем ревизионной комиссии. Во время хрущёвской антирелигиозной кампании отцу Всеволоду Сакидону и старосте Ивану Пироженко вместе со всеми верующими пришлось выдержать довольно сильный натиск исполкома, требовавшего закрытия единственной в городе церкви. Особенно усердствовала тогдашняя уполномоченная по Енисейску заведующая ГорФО А. М. Одинцева.
Отец Игнатий Танчук служил в Успенской церкви с 1966 года по 1978 год. При нём был построен второй этаж пристройки, а также отгорожена стеной часть Александровского придела, так образовалась в пристройке внизу ещё одна комната.
В целом в 70-е годы отношения властей к церкви в значительной мере смягчились. Но, ведущая неустанную борьбу с православными, А. М. Одинцева добилась отстранения с должности старосты Ивана Пироженко. И с 1971 годп старостой стала Александра Алексеевна Сумкина. После неё длительное время старостой была Таисия Ермолаевна Хвоина.
С 1978 года — три года в Успенской церкви служит протоиерей Максим Штонь. С 1981 года по осень 1982 года на его место пришёл отец Виктор Захаров. Он тоже жил в пристройке храма. При о. Викторе и начались реставрационные работы: под всю северную стену храма был подведен основательный фундамент, а также восстановлены ликвидированные более 40 лет назад стяжки между стенами. Это спасло Успенскую церковь от дальнейшего крупного разрушения. При о. Викторе изготовлен также металлический престол с рельефными иконами.
С осени 1982 года прибыл на служение протоиерей Александр Пивоваров. Его живая горячая проповедь, сила духа и любви буквально всколыхнули приход. Количество прихожан резко увеличилось, но при всем при этом начались и большие приходские распри. Полностью был сменен церковный совет. Старостой стала с февраля 1983 года Татьяна Михайловна Овчаренко и пробыла на этой должности один год. 12 апреля 1983 года Александр Пивоваров был арестован, а в августе 1983 года осуждён. До июля 1984 года он отбывал наказание в Туве, с июля 1984 года по осень 1985 года был в ссылке в Кызыле. Обвинен был о. Александр в спекуляции, хотя фактической причиной ареста, конечно же, была его чрезвычайно активная и плодотворная пастырская деятельность, в том числе распространение православной литературы. Сами городские власти дали о нём положительный отзыв, особенно тогдашняя уполномоченная по делам религии по Енисейску завотделом культуры горисполкома В. И. Тагирова.
После ареста о. Александра два с половиной месяца Успенский приход был без настоятеля. С 1 июля 1983 года и по сей день настоятелем Успенской церкви служит протоиерей Генадий Фаст.
В первые годы служения сделан целый ряд работ по благоукрашению и ремонту церкви, а в 1986 году на храме воздвигнуто семь куполов, хотя и не в том виде, как было раньше. В этом же году отреставрирован фасад. Весной 1988 года завершена работа по восстановлению резьбы и позолоты иконостаса в Успенском приделе. К празднованию 1000-летия Крещения Руси музей передал церкви старинный колокол.
В 1985—1986 годах снова было возбуждено уголовное дело на служителей Церкви. На сей раз на псаломщика Геннадия Яковлева и священника Геннадия Фаста. Но после семимесячного следствия дело было закрыто в связи с отсутствием состава преступления. Испытание было немалое. Но при этом надо отметить, что отношение самих городских властей к церкви в 80-е годы помягчело и было, как правило, доброжелательное.
В 2016-2019 годах на объекте «Ансамбль Успенской церкви, 1793-1819 годов» проводились реставрационные работы. Выполнено устройство наружных и внутренних сетей теплоснабжения, устройство котельной, устройство входной группы — замена дверных полотен.
