Храм во имя Апостолов Петра и Павла расположен в центральной части города Клинцы, посреди парка. Построен на средства купца и местного фабриканта П. Исаева в 1847 г., освящена – 3 февраля 1849 г. Проектированием здания занимался К. А. Тон. Это один из ранних образцов русско-византийского стиля в Брянской области.
В 1898-1899 г.г. церковь расширена пристройкой новых стен с трех сторон и в ней устроено два новых престола, передвинут глубже, вдаль на новое место главный престол. Главный престол во имя Святых первоверховных Апостолов Петра и Павла освящен 8 июля 1898 г., левый престол освящен в честь Святителя Николая Мирликийского 20 июля 1898 г., правый – в честь Святителя Феодосия Черниговского 16 августа 1900 г.
Храм был закрыт в 1936 г. При Советской власти из церкви были изъяты серебряные оклады с икон. Было разрушено возвышение шестигранного барабана колокольни, сломан шпиль, разрушен барабан центрального купола, сбиты широкие резные фронтоны – кокошники. В 1943 г., во время Великой Отечественной войны, храм был возвращен верующим, позволили это сделать оккупанты, дабы заполучить благосклонность народа, регулярно совершались богослужения, оказывалась социальная помощь обездоленным. Чертежи храма отсутствовали, поэтому при восстановлении очертания купольного завершения колокольни и центрального барабана изменились.
Вторичное закрытие храма произошло в 1964 г. Были уничтожены фрески, варварски искажена внутренняя часть храма, полностью утрачены алтарные перегородки всех трех приделов, поделено храмовое пространство. Тогда же была ликвидирована аллея, связывающая храм с центральной улицей города. Здание закрепили за спортивным обществом «Спартак». 19 декабря 1988 г. городским Советом народных депутатов было вынесено решение о восстановлении храма. Возрождение началось в 1991 году. Внешний облик церкви приближен к первоначальному проекту. Заново был перестроен иконостас, полностью восстановлено внутреннее убранство. Освящение основного престола было совершено в июне 1994 г. Архиепископом Брянским и Севским Мелхиседеком.
В 1995 г. при храме была открыта Воскресная церковно-приходская школа, а в 2003 г. было получено благословение Епископа Брянского и Севского Феофилакта на создание библиотеки.
Храму приписана часовня в честь Воскресения Господня, расположенная на Православном кладбище. Завершено строительство храма Благоверного князя Александра Невского.
