Храм имеет характерную для христианских строений крестообразную форму. Над покатой крышей возвышается полукруглый купол. Притворную часть венчает двухъярусная колокольня с золотым шатром. Стены церкви Рождества Богородицы сияют голубым и белым цветами, которые изумительно дополняют голубизну Азовского моря.
История храма тесно связана с именем старца Созонтия Ивановича, бывшего купца, офицера, участвовавшего в Крымской войне, а затем принявшего старчество и имевшего дар провидения. Город еще продолжал застраиваться, на городских свалках скопились горы строительного мусора. И однажды Созонтий, придя на собрание городских депутатов в земскую управу, попросил дать ему участок заброшенной земли для основания мужского монастыря. Сначала идея старца была встречена с недоверием, но землю старцу выделили. Он вырыл келью, стал жить отшельником и собирать средства на строительство храма. Вскоре его поддержали православные городские жители, и в день Рождества Богородицы 21 сентября 1904 года был заложен первый камень в фундамент будущей церкви.
Строительство закончилось в 1907 году, а год спустя Созонтий Иванович умер и был похоронен в храмовом склепе.
Геническ славился своими мастерами колокольного перезвона, которые в православные праздники поднимались на колокольню, и над городом лился магический перезвон, отражавшийся в морских водах. В строительстве монастыря принимали участие практически все жители Геническа и близ лежащих сел, делая пожертвования и свозя муку, овощи и зерно. В степном безводном городе, который только застраивался, храм Рождества Богородицы был настоящим оазисом. Внизу холма располагались бассейн, клумбы с цветами, огороды, конюшня, на вершине – храм и пристройка для трапез. От церкви шла аллея, по обеим сторонам которой благоухали розы, а во дворике прогуливалось семейство павлинов с птенцами. В маленькой часовне возле входа, украшенной иконами, горела лампада, и дежурный монах читал Псалтырь. С другой стороны, от входа прямо в земле были вырыты кельи.
Во время революции и гонений на священников монахи принимали беженцев и селили на своей территории. Затем при советской власти помещения монастыря служили складом для зерна, а могила Созонтия была разорена. В 1941 году богослужения в храме были восстановлены, службу вел отец Константин. Однажды он рассказал горожанам о преступлении коммунистов и Винницкой трагедии, очевидцем которых был: он видел раскопки массовых захоронений людей, некоторых закопали заживо. Когда в 1944 году Геническ освободили советские войска, отец Константин по доносу был арестован, умер в тюрьме и позже реабилитирован посмертно. Вскоре после ареста о. Константина храм снова был закрыт. Во времена советской власти помещения церкви использовались как складские, затем там был устроен спортивный зал для милицейских работников.
Только в 1989 году храм Рождества Богородицы вернули верующим. Благодаря их пожертвованиям, начались реставрационные работы. Через год был воссоздан в первозданном виде купол храма.
