Церковь во имя Иоанна Предтечи расположена в северо-восточной части исторического центра города. Церковь была построена на средства купчихи Александры Ивановны Шкроевой, завещанные ей мужем, купцом 1-й гильдии Иваном Васильевичем Шкроевым. С 1879 года по 1880-е годы состоял в должности Каинского городского головы, был известен своей благотворительностью. Согласно его завещания 60000 руб. было пожертвовано на строительство Иоанно-Предтеченской церкви и 29000 руб. на содержание ее причта. Его жена Александра Ивановна Шкроева также широко занималась благотворительностью и пользовалась большой популярностью среди жителей города; она была почетной блюстительницей Каинского Второго приходского училища, построила и содержала на свои средства две богадельни и церковно-приходскую школу.
По завершении строительства был совершен осмотр церкви исполняющим должность губернского архитектора Кондаковым и младшим инженером Строительного отделения Томского губернского управления Андреем Дмитриевичем Крячковым, впоследствии выдающийся сибирский архитектор, автор многих зданий Новосибирска, в присутствии настоятеля Спасского собора протоиерея Николая Вавилова. 18 ноября 1904 года преосвященнейшим Макарием Невским, епископом Томским было совершено освящение храма во имя св. Пророка и Предтечи Господня Иоанна. По имени устроительницы храма А.И. Шкроевой храм в народе стали называть «Шкроевской церковью».
Приход Иоанно-Предтеченской церкви ограничивался городом Каинском. К 1911 году прихожанами храма числился 551 человек. Служение в храме вели один священник и один псаломщик.
Здание замыкает перспективу улиц Пугачева, бывшая Старосолдатская и Свердлова, бывшая Большая Набережная, нарушая четкость красных линий улиц. Силуэт церкви перестал быть доминантой окружающей застройке, как это было в начале ХХ века, из-за окружающих его многоэтажных современных зданий.
Церковь во имя Иоанна Предтечи представляет собой образец широко распространенного в русской архитектуре рубежа XVIII-XIX веков бесстолпного храма с трехчастной продольно-осевой композицией построения. Вдоль оси восток-запад последовательно расположены: четверик храма с 7-гранной апсидой, трапезная и ярусная колокольня над притвором с двумя приделами. Объем колокольни – восьмерик на четверике с шатровым завершением. На церкви семь глав: одна на конхе над алтарём, одна на колокольне и пять на главном храме. Стены сложены из кирпича «под расшивку». Основные помещения перекрыты сводами: храм – восьмилотковым сводом с распалубками, трапезная – цилиндрическим с надоконными распалубками, колокольня – сомкнутый свод. Крыши сложного очертания, главы луковичной формы, кровли металлические с диагональным рисунком, водосток наружный организованный.
Архитектурный облик здания претерпел изменения. Были утрачены: два яруса колокольни и шатровое завершение, семь луковичных глав, покрытие полов, заполнение дверных проемов, железные кресты, предметы внутреннего убранства, иконостас, центральная люстра. Заменены частично заполнения оконных проемов, изменена конструкция и конфигурация солеи. Южный фасад закрыт поздней кирпичной пристройкой. Пропорции и детали колокольни, оформление кирпичного барабана центральной главки, восстановленные в 1995-1998 годах, выполнены с отступлением от архивных документов. В 2003-2005 годах проведены работы по реставрации и восстановлению глав. В 2008 году демонтирована поздняя пристройка со стороны южного фасада. В 2010 году проведены реставрационные работы на фасадах.
