Музей-заповедник «Неаполь Скифский» был создан в 2011 году по инициативе совета министров Автономной Республики Крым.
Экспозиционная территория музея представляет собой благоустроенную туристическую площадку на месте расположения Южного дворца Неаполя Скифского — крупнейшей варварской крепости Северного Причерноморья II века до н. э. — III века н. э., упомянутой в античных эпиграфических источниках.
Созданию музея предшествовала длительная история археологических его исследований. Развалины древнего укрепления на плато Керменчик в начале XIX века активно использовались для добычи строительного камня. В 1827 году собиратель древностей А. И. Султан-Крым-Гирей Ката Гирей встретил повозку, на которой везли камень с Керменчика. На ней он заметил известняковую плиту с рельефным изображением всадника, известняковый и два мраморных постамента с греческими надписями. Султан-Крым-Гирей купил эти камни и сообщил о них директору Одесского музея древностей И. П. Бларамбергу, который, прибыв сюда, произвел небольшие раскопки. Были обнаружены обломки рельефов из известняка и мрамора, несколько золотых бляшек и фрагмент черепицы с клеймом. В 1834 году исследования Керменчика продолжил швейцарский путешественник Фредерик Дюбуа де Монпере. Он детально осмотрел городище, сделал новый план и исследовал несколько склепов и курган на Восточном некрополе.
Известный российский археолог граф А. С. Уваров проводил значительные по объем раскопки на городище в 1853 году. Он отметил, что Неаполь первоначально возник как греческое поселение, основанное выходцами с острова Родос, но впоследствии превратился в резиденцию и крепость скифских царей. В 1926 году на городище началось строительство резервуара, призванного обеспечить водой разрастающийся Симферополь. Восточный участок южной оборонительной стены был разрушен. Небольшими раскопками в пределах котлована и трассы водопроводной трубы в это время руководил талантливый крымский археолог Н. Л. Эрнст. Им же в 1927 году были исследованы несколько вырубных склепов на Западном некрополе. Сразу после окончания Второй мировой войны при привлечении немецких военнопленных начались масштабные раскопки в районе центральных ворот, которые включили в себя исследования погребальной камеры мавзолея Скилура и южного участка оборонительной стены. Было совершено самое знаменательное открытие в истории исследований Неаполя Скифского — западная башня-мавзолей с многослойными захоронениями скифской знати. Раскопки велись по 1950 год, были также открыты «здания с портиками», зернохранилища, исследован участок с грунтовыми склепами Восточного некрополя.
С 1954 года по 1959 год раскопки проводились на прилегающей в центральным воротам территории и на Восточном некрополе. Были открыты мегароны — своеобразные дворцы скифской знати и исследованы новые вырубные склепы. Кроме того, с 1953 года началась реконструкция водоочистных сооружений г. Симферополя, которая подразумевала разрушение многих объектов на Неаполе. Период с 1954 года по 1963 год носил преимущественно охранный характер, в пределах строительных котлованов были исследованы трасса восточной оборонительной стены и прилегающий к ней комплекс построек. Параллельно безрезультатно производился поиск акрополя, административного и культурного центра города.
С 1978 года по 1988 год работами руководила О. А. Махнева. Под ее руководством были исследованы зольник № 3 с остатками святилища «Трех менгиров», пригородная территория и участки Восточного некрополя. Вплоть до 2011 году на Неаполе не проводилось масштабных исследований, имели место лишь небольшие раскопки в 1989, 1990, 1991, 1992, 1993, 1999, 2003, 2004 и 2005 годах. Раскопки участка западной оборонительной стены последних 2 годов дали важные результаты о начале функционирования крепости — с 80 годов II векв до н. э., что было подтверждено клейменной ручкой амфоры херсонесского производства.
В 2011 году по инициативе Крымского республиканского комитета по охране культурного наследия был создан Историко-археологический заповедник «Неаполь Скифский». В рамках его деятельности начаты работы по расчистке и реконструкции территории Южного дворца с участком трассы южной оборонительной стены и мавзолеем Скилура.
К концу 2011 года часть территории была подготовлена под экскурсионное обслуживание и ныне является экспозицией заповедника. В нее включены южные оборонительные сооружения с центральными воротами, мавзолеи Скилура и Аргота, жилые и ритуальные постройки Южного дворца, винодельческий комплекс. Во внутреннем помещении каменной башни, охранной конструкции над мавзолеем Скилура, в 2018 году после реконструкции открыта консольная галерея — экспозиционное пространство для временных выставок музея. В настоящее время там открыта выставка «Terra ARCHAEOLOGICA: Крым 2016–2018», посвященная итогам трехлетних археологических исследований музея самых разных памятников Крымского полуострова.
