Село Алексеевка Хвалынского района Саратовской области связано с именем святого праведного Иоанна Кронштадтского. Здесь он останавливался и служил в храме преподобного Сергия Радонежского во время своего плавания по Волге на пароходе «Отважный» в 1894 году. Деревянная церковь в селе Алексеевка была построена в 1778 году тщанием прихожан. В 1870 году храм был перестроен. С 1873 года в селе действовало земское училище.
В 1930 году из Сергиевской церкви были изъяты колокола, а в 1931 году было решено передать храм под детский сад. Позже церковь была сломана.
Строительство нового храмового здания и зданий, объединенных в храмовый комплекс, началось в 2006 году. В феврале 2008 года храмовый комплекс получил статус подворья Свято-Алексиевского женского монастыря города Саратова. 27 декабря 2008 года епископ Саратовский и Вольский Лонгин совершил Великое освящение нового храма в честь святого праведного Иоанна Кронштадтского.
14 июня 2013 года, в день памяти святого праведного Иоанна Кронштадтского, согласно постановлению Священного Синода Русской Православной Церкви от 12 марта 2013 года, в селе Алексеевка Хвалынского района Саратовской области был открыт женский монастырь во имя святого праведного Иоанна Кронштадтского, а настоятельница монастыря монахиня Еликонида Лысенко в этот же день за Божественной литургией была возведена в сан игумении.