История Кунгурского Иоанно-Предтеченского женского монастыря Пермской губернии начинается с 1820 года, когда в Ординском селе, в 28 верстах от города Кунгура образовалось малое общество девиц, посвятивших себя подвижничеству. Они занимались чтением Псалтири по умершим и пением во время богослужений при Ординской церкви; обучали девиц грамоте, молитвам и рукоделию. Девушки жили у своих родственников. В это самое время старица Мария, одна из основательниц Кунгурской общины, при посещении Саровской обители получила от здравствовашаго в то время старца Серафима, ныне преподобного Серафима Саровского, благословение со словами: «Гряди сестра, на родину, в сей свой град: там тебя давно ждут жаждущия женской обители!».
Так, для полного уединения сестры обратились с просьбой к Преосвященному Дионисию, епископу Пермскому, о дозволении переселится им в г. Кунгур. Дозволение было получено и в 1825 году и они переселись в небольшой каменный дом при Иоанно — Предтеченский кладбищенской церкви г. Кунгура. Скромность, трудолюбие, безукоризненная чистота жизни подвижниц обратили на них внимание кунгурских жителей. Положение их стало улучшатся. Так, в 1832 году подвижницы смогли приобрести усадебное место против кладбищенской церкви и приступили к постройке каменного двухэтажного дома. Через год они уже жили в нижнем этаже этого дома, где было четыре комнаты и одна общая столовая.
14 апреля 1851 года состоялось Высочайшее утверждение Кунгурской Иоанно-Предтеченской общины. В нее вошли 23 сестры. Попечителем общины стал кунгурский купец А. Г. Пиликин, который в течение 15 лет руководил строительными работами на территории монастыря.
В 1850-е годы был построен первый келейный корпус. В 1856 году настоятельница общины Ксения Шепелева обратилась к Преосвященному Неофиту с просьбой устроить при общине домашнюю церковь во имя Божией Матери. Ходатайство это было уважено и 3 июня 1857 года Преосвященный неофит освятил место для престола домовой церкви при общине, в первом келейном корпусе. В следующем году были приготовлены иконостас, иконы и вся потребная утварь. 25 мая 1858 года Преосвященный Неофит освятил престол в честь иконы Владимирской Божией Матери. По освящении церковь была приписана к Благовещенскому собору, церковнослужители которого и исполняли все богослужения. В 1860 году были построены: второй корпус – для женского духовного училища, третий корпус – под приют для девочек-сирот.
29 октября 1868 года последовал указ Священного Синода о переименовании общины в женский Иоанно-Предтеченский монастырь с числом монахинь, кроме игумении и казначеи, из 15 лиц без отнесения этого монастыря к какому-либо классу штатных монастырей и без пособия из казны. Первым самостоятельным священником при монастыре был отец Павел Иванович Холмогоров.
В 1869-1870 годы были построены четвёртый и пятый келейные корпуса. В 1874 году при монастыре было открыто свечное производство.
В мае 1877 года с главным храмом был заложен храм в честь святых великомученика Пантелеимона и праведного Симеона Верхотурского Чудотворца. Храм был устроен во втором этаже и соединен с главным тремя арками.
К концу XIX века Иоанно-Предтеченский женский монастырь был очень благоустроен, но средствами скуден. В монастыре были игумения, 32 монахини манатейных, 28 монахинь рясофорных, 83 послушницы и несколько чернорабочих.
Каменное монастырское здание имело форму буквы «П». Все постройки разделялись на пять корпусов, по времени их возведения. Первую часть монастырского корпуса составляли храмы, в других корпусах находились приют для девочек-сирот кунгурских граждан, свечное заведение, женское духовное училище, открытое в 1867 году.
В 1903–1914 годах велось строительство каменной Иоанно-Предтеченской монастырской церкви с пределами Иверской Богоматери и Серафима Саровского. Освящение главного храма состоялось 21 сентября 1914 года. Число насельниц быстро росло: в 1907 году уже проживало 350 монахинь и послушниц.
В 1920 году были национализированы все земельные участки и подсобные хозяйства. 17 февраля 1921 года монастырь был закрыт. Монастырские сооружения были переданы в ведение Окрвоенкомата. В здании храма располагался спортивный клуб, который был открыт в 1925 году. В 1926 году помещения бывшего монастыря были переданы Кунгурскому исправкому. В келейных корпусах располагались портняжная, столярная, колесная, слесарная и посадочная мастерские. В монастырской церкви по-прежнему находился клуб.
В начале 1930 года на месте бывшего Иоанно-Предтеченского женского монастыря в Кунгуре была организована трудовая коммуна ОГПУ для несовершеннолетних преступников. Первая партия малолетних воров и беспризорников была привезена в декабре 1930 года. К их прибытию были оборудованы мастерские кустарного типа — баульные, обувные, портновские. С помощью труда, профессионального и общего обучения эти дети должны были стать полноправными и социализированными членами советского общества.
В 1931-1932 годах для коммуны были приобретены обувная фабрика и кожзавод. Обувная фабрика должна была производить спортивную обувь до 2 млн. пар в год, а кожзавод — сырье для фабрики.
В 1933 году, согласно новому Исправительно-трудовому кодексу, трудовая коммуна была переименована в «трудовую колонию». В 1934 году «воспитанников» — так называли заключенных трудовой колонии — было уже 800 человек, из них 210 девочек. К кожзаводу и обувной фабрике добавились деревообделочная фабрика, трикотажный цех, сельскохозяйственные фермы в пригороде. К этому времени пенитенциарные задачи учреждения — перевоспитание и исправление — отошли на второй план. Главной стала производственная деятельность колонии. Так, в 1936 году на 59 существовавших в стране детских колоний было запланировано получение валовой продукции на 135 млн. рублей. Кунгурская колония со «средним числом рабочих» 1300 человек произвела в 1936 году продукции на 12,5 млн. рублей. Колония просуществовала на территории монастыря вплоть до 2015 года.
По благословению Преосвященного Иринарха, епископа Пермского и Соликамского, и в соответствии с решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 25 марта 2004 года, состоялось учредительное собрание местной православной организации «Иоанно-Предтеченский женский монастырь в г. Кунгуре Пермской области». На заседании постановили создать местную православную организацию «Иоанно-Предтеченский женский монастырь в г. Кунгуре». 12 мая 2005 года года был создан Устав и зарегистрирована религиозная организация Иоанно-Предтеченский женский монастырь.
В июле 2009 года в монастырь пришли 9 насельниц во главе с игуменией, которые за неимением своих помещений в г. Кунгуре расположились на подвории в с. Колпашники, так как на территории монастыря в то время располагалась колония.
С марта 2010 года игумения Руфина с сестрами проживали в г. Кунгуре, в деревянном доме, напротив Иоанно-Предтеченского храма. В этом доме ранее был детский сад.
2015 год – год 190-летия возникновения Иоанно-Предтеченского Кунгурского женского монастыря. 27 мая 2015 года в Пермском крае подписано распоряжение о передаче федерального имущества, составляющего казну Российской Федерации, в безвозмездное пользование Религиозной организации «Пермская Епархия Русской Православной Церкви»: не жилых помещений ИК-30 в г. Кунгуре. С 1 июля 2015 года идут активные работы по восстановлению сестринских корпусов и восстановлению храмов.
