Монастырь основан в 1688 году на средства Астраханского митрополита Савватия вне Белого города, на Ивановской улице, за рекой Кутум, рукав Волги. В 1723 году был упразднён и обращён в лазарет, в 1727 году восстановлен. С 1764 года заштатный, необщежительный монастырь. Храм один, каменный, во имя Иоанна Предтечи, построен в 1697 году. В храме находилась особо чтимая икона Иоанна Предтечи. С 1884 года существовала церковно-приходская школа. В начале XX века в монастыре были игумен, 8 монахов, 5 послушников. В 1919 году монастырь был закрыт. Постройки были заняты под жильё и хозяйственные нужды. В 1940 году колокольня и надвратный храм во имя Иоанна Воина были разобраны. В 1992 году началось восстановление обители. В 1995 году монастырь окончательно передан Церкви. 22 февраля 1995 года указом Патриарха Алексия II монастырь получил официальный статус. Первым наместником 24 апреля 1995 года был назначен иеромонах Иосиф, в миру Александр Станиславович Марьян, р.1967. Первыми насельниками восстанавливающегося монастыря стали иеромонах Нил Бедняков и иеромонах Нестор Небеснов, присланные из Успенского собора.
Из-за тяжёлой болезни о. Иосифа послушание наместника 10 октября 1996 года было передано иеромонаху Филиппу Трещёву. В 1996 году в монастыре впервые после его возрождения был совершён монашеский постриг.
С назначением 28 декабря 2000 года наместником монастыря иеромонаха Петра Барбашова процесс возрождения обители стал более интенсивным. Обнеся территорию монастыря металлической оградой, братия смогла избавиться от пьяниц, облюбовавших окрестности храма.
В 2001 году началось строительство бани и братского корпуса в восточной части обители. Новый братский корпус двухэтажный, на первом этаже расположились трапезная, лекционный зал, столярная мастерская и гараж, а на втором кельи. В 2002 году монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Тогда же был возвращён игуменский двухэтажный корпус. В 2003 году завершилась реконструкция и капитальный ремонт игуменского корпуса и размещение в нём классов воскресной школы, хорового класса, ризной и библиотеки. В 2004 году основан скит-подворье в селе Николо-Комаровка Камызякского района и освящение в нём домовой церкви в честь иконы Божией Матери «Неупиваемая Чаша». В 2005 году были обновлены купола монастырского храма. Братия монастыря взяла на попечение церковь в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы близ Иоанно-Предтеченского монастыря на улице Грузинской. В этом храме была возобновлена служба по праздникам и воскресным дням. В 2006 году началась реставрации фасада монастырского храма и росписей в нём. Заложен фундамент пристройки к храму для выноса свечных ящиков и увеличения площади церкви. В 2007 году построена и вынесена за пределы территории монастыря по согласованию с властями города трансформаторная подстанция, снесено прежнее здание ТП и опор электропередачи. В 2008 году были заменены всех окон монастырского храма, старый кирпич заменён на новый, сделана зачистка стен, двуцветная покраска церкви и, наконец, снятие лесов. Восстановление лесов вокруг игуменского корпуса для реставрации фасада здания. Впервые за десятилетия совершено венчание в церкви Введения во храм Пресвятой Богородицы. В сентябре 2009 года при монастыре создан Центр дополнительного образования детей и молодёжи «Боголепъ». 20 октября 2009 года архиепископом Астраханским и Енотаевским Ионой Карпухиным освящён великим чином монастырский храм во имя Усекновения честной главы Иоанна Предтечи. Летом 2010 года в монастырском храме состоялся первый постриг в великую схиму. Схимонах Митрофан стал первым и на тот момент единственным схимником на территории Астраханской и Енотаевской епархии. 10−16 января 2011 года прошла выставка фоторабот наместника монастыря игумена Петра Барбашова «Церковь — это мы».
На 2011 год в монастыре 14 насельников, игумен, наместник 1, иеромонахи 5, иеродиаконы 2, монахи 4, послушники 2.
В 2012 году в издательстве «Волга» вышла книга Л. Г. Бухтояровой «Дорога длиною в три столетия», посвящённая Иоанно-Предтеченскому монастырю. В этой книге были впервые собраны все имеющиеся исторические материалы о монастыре, его настоятелях и насельниках, его церквах и постройках за всю его трёхвековую историю и сведения о его современной жизни. В книгу также были включены воспоминания священнослужителей и насельников о возрождении монастыря и об их собственном пути к Богу.
В 2013 году после полутора десятков лет переговоров с властями области и города об отселении жильцов из двух корпусов, бывших братских келий, эти строения были возвращены монастырю, что дало возможность воссоздать историческую целостность монастыря в завершённом виде. С Пасхи 2016 года монастырский храм украшен подсветкой, для которой было использовано 182 архитектурных светильника. На 2018 год в монастыре подвизается 12 человек братии, не считая послушников.
