В 1847 году епископ Кавказский Иеремия повелел открыть в трех верстах к северу от Ставрополя женскую обитель с церковь во имя Иоанна Предтечи. По его мысли она должна была служить местом иноческого жития вдов и круглых сирот духовного звания, а также для страждущих тяжкими болезнями из других сословий. Общество Ставрополя приветствовало решение владыки, помогало становлению нового монастыря не только деньгами, но и при строительстве двухэтажного каменного дома за оградой монастыря, где разместилась больница. Монастырская территория сложилась из пожертвованных жителями города, прежде всего семьей Скомороховых, земельных участков.
В 1851 году епископ Кавказский Иоанникий успешно ходатайствовал перед Святейшим Синодом об изменении статуса общины в монастырь. В 1852-1863 годах в стараниями святителя Игнатия пустынь была возведена во второклассный монастырь, а настоятельница — в сан игуменьи, после чего святитель Феофилакт совершил первый монашеский постриг избранных сестер. Официальной датой учреждения монастыря указывается 1859 год [1]. Первой настоятельницей игуменьей Серафимой были установлены порядки в соответствии с Афонским уставом.
Во время русско-турецкой войны 1877-1878 годов сестры изготовляли все необходимое для военных лазаретов. Сами монахини в качестве медсестер ухаживали за ранеными и больными воинами.
К началу XX века Иоанно-Мариинский монастырь вошел в число крупнейших на Юге России. Здесь действовавло пять храмов, было построено несколько корпусов, благоустроен пруд, разбит сад, открыта безвозмездная школа для девочек и художественные мастерские.
В нач. XX в. в монастыре было ок. 1000 монахинь и послушниц.
В 1921 году монастырь был разогнан. На его территории последовательно находились колония для беспризорников, дом отдыха и – с послевоенных времен – филиал краевой психиатрической клиники. За годы советской власти здания были запущены, рушились и ветшали. К середине 2000-х годов четыре из пяти монастырских храмов были снесены до основания, а пятый значительно перестроен. Долгое время после распада СССР руководство клиники продолжало отказываться от обсуждения вопроса о возвращении монастыря Церкви.
В течение 2004 года благодаря содействию губернатора Ставропольского края А. Черногорова и председателя Госдумы края Ю. Гонтаря началась постепенная передача монастыря Ставропольской епархии. 24 декабря того же года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви под председательством патриарха Алексия было благословлено открытие Иоанно-Мариинского женского монастыря в городе Ставрополе.
Монахини вначале получили в пользование часть одного из оставшихся корпусов. Для монастыря был обустроен храм во имя преподобного Серафима Саровского на старом монастырском источнике, начались работы по восстановлению одного из сохранившихся монастырских храмов. В первый год существования возрожденного монастыря сестры организовали для детей бесплатные курсы английского языка, стали помогать филиалу психиатрической клиники. В начале 2006 года состоялось подписание акта о возвращении Ставропольской епархии ряда помещений монастыря.
