Земли, на которых находится монастырь, с XVII века принадлежали боярам Полянским. Представитель рода Макар Артемьевич Полянский, от имени которого происходит название погоста и села Макаровка, служил в Москве, вступил во владение землями в 1686 году, и с 1700 года переехал в Саранск из Москвы. После этого на его землях и был основан погост. В 1702 году была освящена церковь Михаила Архангела, а в 1704 году — сохранившийся до настоящего времени собор Иоанна Богослова. Примерно в это же время были построены ограда и две башни. В 1720-е годы была построена колокольня, а в 1800-е годы — Знаменская церковь, почти точно повторяющая архитектуру Михайло-Архангельской.
После революции богослужения на погосте были прекращены, а все его здания, кроме Иоанно-Богословского собора и колокольни — снесены.
С 1969 года в Макаровке начались восстановительные работы, а в 1987 году жители села при содействии верующих Луховки, Куликовки и Солдатского через патриарха Пимена сумели вытребовать Иоанно-Богословский храм и колокольню в ведение прихода. Настоятелем в Иоанно-Богословский храм был назначен протоиерей Георгий Сакович. В 1991 году открывшейся Саранской епархии была передана Знаменская церковь, а в 1996 году – Михайло-Архангельская. Бывший «замок» Полянских стал епархиальным управлением. Таким образом, за десять лет погост поэтапно перешел к подлинному хозяину – православному народу, а в 1994 году он наконец-то превратился в настоящую обитель: по благословению патриарха Алексия Второго и по решению архиепископа Саранского и Мордовского Варсонофия в Макаровке открылся мужской Иоанно-Богословский монастырь. Таким образом, мужское иночество в городе воскресло. Наместником монастыря стал протоиерей Максим Чеботарёв, в монашестве Владимир.
За тридцать лет реставраторам удалось сделать очень многое, в том числе заново отстроить «замок» и утраченные объекты погоста.
Сейчас на территории монастыря стоят несколько храмов:
Иоанно-Богословский собор представляет собой высокий четверик с тремя рядами окон, на восьмискатной крыше которого стоят два восьмерика. К основному объёму пристроены паперть с высокой лестницей и алтарная часть. На алтаре установлена отдельная главка. Высота четверика — 20 метров, общая высота собора — 28 метров. Такая структура собора была характерна для поволжских церквей, но в более поздний период, в середине XVIII века. В конце XVII же века, почти одновременно с постройкой собора, четверики обычно завершали пятиглавием, например, Успенский собор в Рязани, построенный Яковом Бухвостовым. Вместе с тем оборонительные и гражданские сооружения, например, Сухарева башня в Москве, в это время строились именно по такой модели.
Внешне собор богато украшен, при этом фасадное убранство выполнено из кирпича девяти типов. Украшения характерны для русского барокко и сочетают стили конца XVII века и начала XVIII века. Так, имеются украшения на наличниках окон, на апсидах, восьмигранные окна третьего яруса.
Собор является одним из старейших сохранившихся зданий Мордовии, самым старым таким зданием является церковь Иоанна Богослова в Саранске, построенная в 1693 году.
В 1800-е годы была построена Знаменская церковь, которая должна была точно повторять формы Михайло-Архангельской церкви, с тем отличием, что она примыкает к ограде. В 1930-е годы церковь была частично разобрана и восстановлена в 1970-е годы. С 1991 года ведутся богослужения.
Михаило-Архангельский храм построенный в 1702 году. Разрушен в 1935 году и возвращён в 1996 году.
