Храм в честь Преображения Господня построен и освящён в 1596 году. После пожара 1885 года на верхней площадке церкви был устроен пятиглавый деревянный храм на каменном фундаменте, освящённый в 1892 г. святым Иоанном Кронштадтским. Храм построен в русском стиле, с резными карнизами и наличниками по углам и окрашен в белый, синий и жёлтый цвета. Имеет три входа — крыльца с резными перилами и колоннами с полукруглой крышей. Восстановлен в 1990-е г.г.
http://azbyka.ru
В 1803 году в Задне-Никифоровской пустыни было два храма («Ведомости об упраздненных монастырях Олонецкой епархии, 1800-1803гг.», РГИА): Преображения Господня (деревянная, холодная, крыта тесом, «глава обита чешуею», «состоит в твердости»). Благовещения Пресвятой Богородицы (деревянная, теплая, крыта тесом, «глава обита чешуею», «находиться в твердости, точию крыша весьма ветхая»).
25 июля 1885 года монастырь постигло несчастье: страшный пожар, начавшийся при сильном ветре, в самое короткое время уничтожил все строения пустыни, кроме деревянной часовни св. великомученика Никиты над кладезем, под горою – у самого озера, и риги, да обгоревших каменных стен церкви Всех Святых и небольшого дома у входных (западных) ворот. На восстановление обители дал свое благословение и был первым щедрым жертвователем св. прав. Иоанн Кронштадтский, неоднократно посещавший эти места. Уже 19 июня 1892 года святым прав. Иоанном Кронштадтским был освящен восстановленный Преображенский храм.
В 1935 году пустынь была разорена, иконы, служебные книги и монастырские архивы, погост, братский корпус, монастырская стена были уничтожены. На территории монастыря началось строительство Интерпоселка. Храм Всех Святых использовался как кинозал и столовая, в Преображенском храме был спортзал. Колокольня была снесена, а храмы обезглавлены. Кладбище монашествующих снесено и часть участка использовалось как отхожее место. После 1945 года в стенах бывшей обители расположились колония для несовершеннолетних и психиатрическая больница.
Возрождение обители началось в 1991 году, тогда монастырю был возвращен юридический статус.