Существует предание, что Ильинский погост вырос на месте древнего языческого святилища, где совершали жертвоприношения местные племена, обитавшие здесь до прихода новгородцев. Но более верным представляется, что погост создали в XVI веке монахи, шедшие на Соловки. Впервые сведения о нём встречаются в «Жалованной грамоте» Новгородского Митрополита Варлаама, выданной водлозерам в 1592 году.
Ильинский погост украшает деревянная церковь Ильи Пророка, поставленная в 1798 году на месте ветхой шатровой церкви местными плотниками на средства прихожан. Основой при строительстве служил разработанный профессиональными архитекторами и утверждённый Олонецкой консисторией проект. Духовные власти не разрешили новую церковь строить по старому образцу, приказав старую церковь разобрать, а на её месте заложить новую «в сходственность плана». По мнению архитектора А.В. Ополовникова, который впервые в 1947 году обследовал и обмерил церковь, церковь строилась в разное время. Её самой древней частью является четверик, к которому позднее были пристроены трапезная и колокольня. Колокольня первоначально завершалась шатром, стремительно взмывающим ввысь.
На рубеже XIX-XX веков памятник был обновлён, колокольня лишилась своего шатра — вместо него был поставлен приплюснутый «полукумпол» со шпилем. Колокольня была обшита тёсом. Обшивка срубов церкви и трапезной слила в единую глухую массу все элементы здания; были уничтожены крытый висячий переход, соединявший колокольню и сени, а также два крыльца. Обновлён был и интерьер: старый тябловый иконостас заменили новым — «составленным согласно правил архитектуры». Новый иконостас, утверждённый Олонецкой строительной и дорожной комиссией, представлял собой типичное эклектическое произведение второй половины XIX века. Были обшиты досками потолки и стены церкви.
Другая особенность Ильинского погоста — бревенчатая ограда. Она укреплена бревенчатыми срубами и крыта двускатной кровлей. Такими оградами, придающими сооружениям сходство со старинной крепостью, были раньше окружены многие монастыри и погосты. Эта ограда послужила образцом при возведении ограды Кижского погоста. В ограде были устроены лавки, где крестьяне и купцы торговали по праздникам и в ярмарочные дни. Вероятно, праздничная торговля была прибыльной, поскольку на соседнем острове Колгостров были оборудованы обширные складские помещения для купеческих товаров.
В 1930-е годы растерявший по лагерям священников и прихожан Ильинский Погост опустел.
В 1991 году началось возрождение монастыря. С 2003 года на Ильинском погосте начались богослужения. В 2004 году директор Водлозерского национального парка Олег Червяков был рукоположен в священники и стал настоятелем Ильинской церкви.
23 декабря 2006 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви на Ильинском погосте учреждён мужской монастырь Свято-Ильинская Водлозерская пустынь. В новообразованном монастыре подвизаются игумен Киприан Грищенко, иеромонах и иеродиакон, инок и послушники.
