Монастырский комплекс Икалто получил своё название от ближайшей деревни. Это небольшой монастырь, здесь всего три храма и хозяйственная постройка. В прошлом при монастыре находилась ещё и академия, так что Икалто составляет своего рода логическую пару с Гелатским монастырём. Но Икалто существенно древнее.
Икалтойский монастырь – один из первых в Грузии, а в Кахетии фактически самый первый. Он основан одним из ассирийских отцов Зеноном Икалтойским после середины VI века. От строений той эпохи уже ничего не осталось. Существующие ныне храмы построены самое раннее в VIII веке. Видимо, есть какая-то связь с возникновением независимого Кахетинского царства в те века. В тот же период на территории монастыря были построены давильни для винограда и винохранилища, частично сохранившиеся по сей день.
В XII веке при царе Давиде Строителе был построен Успенский храм и пристроен корпус академии. Эта академия вошла в историю тем, что в ней учился Шота Руставели. По этому случаю в ноябре (в выходные) здесь отмечается локальный праздник Шотаоба.
В 1616 году шах Аббас сжёг академию и тем поставил точку в её истории. С этого момента монастырь почти прекратил своё существование и был восстановлен только в XIX веке.