Церковь Усекновения Главы Иоанна Предтечи состоит двух частей: нижней и верхней. Нижняя, сегодня подземная часть, — более древняя, относится, по всей видимости к V-VI векам. Вероятно, пострадала при персидском нашествии в 614 г. Затем была отсроена орденом иоаннитов в XI веке. Церковь иоаннитов была разрушена в 1244 г. Восстановлена в 1842 г.Церковь Усекновения Главы Иоанна Предтечи описывается о. Мефодием (Кульманом) так: «Интересен еще храм при монастыре св. Иоанна Предтечи Господня, поставленный над древней крещальней, вблизи пруда Езекии, откуда подавалась вода в крещальню; теперь это в центре города. Верхний храм, современный, стоит на уровне земли, вход в него со двора, с Христианской улицы. В нем три престола, из которых главный посвящен Усекновению Главы Предтечи. Часть этой св. Главы заключена в ковчежец, стоящий под сенью на столпе против иконы Святого в иконостасе.
Нижний же храм с крещальней, лежащий теперь под землей, относится к 5-6-му столетиям. В него ведет лестница снаружи со двора, сначала в небольшой продолговатый притвор, а через три двери в сам храм, с его тремя абсидами; в восточной абсиде — без иконостаса — стоит каменный престол. Еще в недавнее время можно было в стене храма видеть старинные трубы, по которым поступала вода в крещальню из городского пруда».Т. Тыжненко пишет о церкви следующее: «Церковь, основанная иоаннитами в Иерусалиме, которая стоит на том месте, где была древняя, самая первая церковь, построенная в честь святого Иоанна Крестителя. Сейчас принадлежит грекам. Находится она в христианском квартале Старого города. Под церковью находится пещера с округлыми сводами и нетронутыми руками реставраторов стенами. Императрица Евдокия — жена Феодосия II, впервые посетившая Иерусалим в 438 году, осталась в нем до конца жизни, изучая Библию и благоустраивая город. Она построила церковь рядом с источником Силоам, где Иисус Христос исцелил слепого, возвела небольшой храм на месте дома Каиафы, где было принято решение об аресте Иисуса Христа и куда Он был доставлен стражей. Последней крупной постройкой императрицы, принявшей ее останки после кончины стала церковь первомученика Стефана, находящаяся у Львиных ворот. При Евдокии и позже, в течение 150 лет, в Святом городе были возведены десятки церквей и одна из них — та, которую освятили в честь Пророка Божия Иоанна. Прошли столетия, прежде чем в 1020 году орденом иоаннитов была обнаружена эта церковь и открыт при ней госпиталь Иоанна Крестителя. В храме бережно хранили реликварий с частицей животворящего Креста Господня и мощами святого Иоанна Крестителя, а также апостола Петра и других апостолов.
Произведя раскопки в XI веке, орден иоаннитов на этом месте возвел ныне существующую церковь, принадлежащую грекам».
Источники:1. Т.Е.Тыжненко. Паломничество по памятным местам Пророка и Предтечи Господня Иоанна.2. Святая Земля. Епископ Мефодий (Кульман).
