Музей основан 5 октября 1919 года решением комиссии под председательством известного художника, академика живописи, уроженца Мстеры, Федора Александровича Модорова при Мстерских государственных художественно-ремесленных мастерских.
В апреле 1923 года был организован «Музей церковных древностей», который располагался в здании Богоявленского собора бывшего Богоявленского мужского монастыря.
В августе 1945 года музей был реорганизован в государственный Мстерский музей народных художественных промыслов и Мстерский краеведческий музей, который в 1954 году был закрыт.
С 1975 года по 1989 год музей был филиалом Государственного объединенного Владимиро-Суздальского историко-художественного и архитектурного музея-заповедника.
