Пустынь была основана преподобным Христофором Сольвычегодским, учеником и пострижеником преподобного Лонгина, игумена Коряжемского монастыря, через десять лет после кончины которого он поселился в верховьях речки Малая Коряжемка, в 20 верстах от монастыря и в 27 от Сольвычегодска. Вскоре к нему начали приходить послушники и около 1555 года основалась там под его настоятельством обитель. Здесь была построена церковь в честь иконы Божией Матери «Одигитрии» Смоленской, которую преподобный Христофор принес с собой и от которой происходили многие исцеления. Обитель прославилась примерным житием тружеников и открывшимся рядом целебным источником, от которого царица Анастасия, супруга царя Иоанна Василиевича Грозного, получила облегчение в болезни. Царь щедро наградил Христофора, пришедшего в Москву за подаянием на строительство. По окончании обительного здания, в 1572 году, преподобный оставил тайно братию свою, и куда он скрылся, и когда преставился, неизвестно. Вскоре после отшествия Христофорова расстроилась и пустынь Богородицкая. С сайта храма Всех Святых
Христофорова Богородицкая (во имя иконы Божией Матери Одигитрия) мужская пустынь была основана в 1555 г. прп. Христофором, Вологодским чудотворцем. С 1582 по 1764 г. пустынь была приписной к Николаевскому Коряжемскому монастырю, в 1764 г. упразднена. Храм обращён в приходской. Каменная Богородская церковь находилась в с. Богородское, построена в 1763 г. Была известна чудотворной иконой Божией Матери Одигитрия. К началу XX века церковь обветшала, в 1909 г. её решено было разобрать, но Императорская археологическая комиссия своего согласия на это не дала. Вторая церковь — Введенская — была разобрана, вместо неё построена новая, освящённая 1 марта 1907 г. Приходское попечительство было открыто в 1873 г., председателем избран крестьянин Александр Амосов.
C сайта Православные приходы и монастыри Севера Описание деревянной Введенской церкви, что в Христофоровской пустыне Церковь сия построена иждивением Николаево-Коряжемского монастыря в 1585 году и в том же году освящена по благословению Варлаама, епископа Вологодского и Велико-Пермского. С самого начала ее видом была круглая осмигранная, мерой с наружной стороны каждая грань по 2 1/2 сажени, а кругом 20 сажен, вышины до крыши 4 сажени. Крыша на ней была простая; на крыше осмерик рубленный из бревен, на осмерике чаша и глава деревянные, обитые мелким чешуйчатым тесом, на главе крест деревянный простой фигуры. Алтарь и внутренняя паперть четвероугольные, одинаковой величины, вышины 3 сажени, а длины и ширины 7 аршин. Крыши на них также, как и ныне на два ската, деревянные, а на алтаре крест был деревянный. Церковь прежде обнесена была, начиная с правого клироса до левого наружной папертью, которая была на столбах шлюзами, с улицы околочена тесом и покрыта на один скат; мерой паперть сия была в ширину 2, а в длину кругом 15 сажен, а в вышину 2 сажени. Входов в церковь было три: первый настоящий с западной с небольшой лестницей, которая имела 5 ступеней, а прочие два с южной и северной сторон сперва в наружную паперть, а потом в самую церковь. Двери все трои мерой одинаковы, вышины 2 1/2, ширины 2 аршина, а толщины два вершка, отворялись на пятах. Стены, как в алтаре, так и в самом храме и внутренней паперти и поныне нетесаны, пол был тесанный, а потолок из пильного теса набран в брусы.
Вышина во всей церкви была равна от полу до потолка 3 сажени. Во внутренней паперти вверху под крышей было три окна, существующие и поныне, одно на западной стороне вышиной 2, а шириной 1 1/4 аршина, и два на южной стороне, вышиной 1 1/2, а шириной 2 1/2 четверти, задвигаемые ставнями. В самом храме было три окна вышиной 2, а шириной 1 аршин, два из оных на правом и левом клиросах, и третье на южной стороне, сверх оных два маленьких задвигаемых ставнями. В церкви иконостаса не было, нижние местные иконы стояли на полках, приделанных к стене на не толстых столбиках, а прочие верхние три става икон утверждены были на брусках. В алтаре было одно только окно на горнем месте, вышиной 2, а шириной 1 аршин, задвигаемое также ставнем. Церковь оная в вышеупомянутом виде существовала до 1823 года, и была ли до того времени поправляема или возобновляема, неизвестно. В 1823 году, по ветхости она была разобрана вся и поставлена снова в прежнем виде; снизу три ряда в основание положены новые бревна. Паперть наружная, равно и двери северные уничтожены, а на место оных устроено окно, величиной равное с прочими. Над храмом сделан купол, вышиной 1 1/2 сажени, на нем осмерик, снаружи тесанный, вышиной 1 сажень. В осмерике четыре окна вышиной 1 1/2, а шириной 1 аршин. На осмерике глава и крест деревянные, околочены белой жестью. Потолок в алтаре и паперти сделан также, как прежде, а в храме до самого верху, т.е. до главы потолка нет, а свершен куполом. В то же время сделан новый иконостас в 4 става столярной работы, а иконы поставлены, должно полагать, старые, что доказывает древняя живопись оных. В алтаре прорублено на южной стороне окно новое, мерой с прежним одинаковое. На алтаре сделаны деревянная чаша и глава, околоченные железом, а крест вызолочен. В 1851 году церковь сия извнутри обита вся тесом, пол поправлен, боковые южные двери уничтожены, и вместо оных сделано окно величиной с прочими одинаковое. Из внутренней паперти сделаны в церковь двери полусветные, вверху стекольчатые, вышиной 4, а шириной внизу 5 аршин — сверху полуциркулом. Церковно-историческое и статистическое описание церквей Сольвычегодского уезда Вологодской епархии. 1854 год. Дополнения по благочинию 1-го округа.
Монастырь основан преподобным Христофором Сольвычегодским – учеником преп. Лонгина Коряжемского. Преподобный Христофор был одним из первых учеников и пострижеников преп. Лонгина. «Не дошло до нас никаких сведений о том, откуда он был родом, какого звания и в каком возрасте пришел в пустыню». Но, судя по тому, что преподобный Христофор стал одним из первых, кто пришел проводить иноческую жизнь под старческим окормлением преп. Лонгина, он мог быть «родом или из Сольвычегодска или из ближайших его окрестностей».
По кончине своего учителя Христофор пробыл в Коряжемском монастыре еще 10 лет; потом поселился в верховье речки Малыя Коряжемки, в 20 верстах от монастыря и в 27 от Соль-Вычегодска. Там в уединеннии он жил отшельником. В совершенном безмолвии он, часто целые дни и ночи, проводил в молитве перед иконою Божией Матери Одигитрии, которой его благословили при выходе из монастыря и для которой он устроил близ кельи часовню. Но вскоре к нему начали приходить послушники и принимать от него пострижение, таким образом около 1555 года основалась под его настоятельством обитель и построена церковь во имя иконы Божией Матери Одигитрии, от которой происходили чудеса и исцеления. Кроме этой чудотворной иконы в 150 саженях от церкви открылся целебный источник из камня, что еще более прославило новую обитель, молва о которой достигла самой Москвы. Царица Анастасия Романовна (первая и самая любимая жена Иоанна IV), услышав о чудесах от иконы Пресвятой Богородицы и о целебном источнике, пожелала воспользоваться его водою, и по приказанию Иоанна Васильевича преподобный Христофор должен был лично доставить ее ко двору. Велика была радость царя, когда царица получила облегчение от своей болезни, испив целебной воды, и по царски наградил он старца, давши достаточную сумму денег на устройство обители. Так гласят «Исторические сказания о жизни святых, подвизавшихся в Вологодской епархии» (г. Вологда. 1880 г.).
По завершению строительства здания обители преподобный оставил в 1572 году тайно свою братию; куда он скрылся и когда преставился, неизвестно. Вскоре после отшествия Христофорова расстроилась и пустынь Богородицкая: икона Божией Матери была перенесена в Николаевский Коряжемский монастырь, но уже в 1590 году вновь взвращена на прежнее пустынное место, где в честь ее Коряжемской игумен Иов соорудил деревянную церковь. С того времени Христофора пустынь была приписана к Коряжемскому монастырю. В 1763 году вместо деревянной церкви построена каменная. Но уже на следующий год, в 1764 году монастырь был упразднен, как и многие малые монастыри Российской Империи, а построенная церковь обращена в приходскую. Вокруг Христофоровой Пустыни было пять деревень: Пулькино, Присека, Попова Гора, Погост, Большая Гора или Вешнякова Гора.
К началу XX века старая каменная церковь совсем обветшала, и местные жители просили Императорскую Археологическую комиссию о сохранении старой церкви. Церковь не удалось сохранить, и на ее месте была построена в 1907 году новая церковь, освящение состоялось 1(14 н. ст.) марта. Туда ежегодно 28 июля съезжались много богомольцев на праздник иконы Одигитрии; а также в девятую пятницу по Пасхе и 8 сентября, в день Рождества Богородицы.
В советское время колокольня и церковные строения были разрушены, исчезли и стоящи в округе деревни, но сам храм сохранился. В средине 90-х гг. XX века Христофорова пустынь стала возрождаться. Начало ее восстановлению положил настоятель Коряжемского храма преп. Лонгина протоиерей Михаил Яворский. 29 июля 2004 года он трагически погиб в автокатастрофе, возвращаясь в свой храм из Христофоровой пустыни. В данное время сама церковь одета в леса, отремонтированы крыша и купола. Блестят позолотой 6 крестов, приобретенных на пожертвования прихожан. Завезены стройматериалы для возведения колокольни и церковных строений. На месте святого родника воздвигнута часовня с купальней. Христофорова пустынь вновь приобретает былую известность.
Б.А. Титов В поисках Христофоровой Пустыни. http://hram-svyatih.ucoz.ru/index/khristoforova_pustyn/0-20