Стрельцы и гайдуки прибыли в Архангельск по приказу Петра I в 1702 году для усиления гарнизона во время строительства Новодвинской крепости. Гарнизонные церкви простояли на своём первоначальном месте 14 лет, пока полки не передислоцировали на правый берег реки Кузнечихи. В те времена здесь располагалась одноимённая деревня. Сюда и перекочевали оба деревянных храма вместе с личным составом полков.
Существует легенда, что современный архангельский микрорайон Кузнечиха, где сейчас возвышается Троицкий храм, заимствовал своё название от находившейся в этом месте слободы, где жили кузнецы. Но это не так. На самом деле топоним происходит от чудского «кузмеча», что означает «еловый лес». С начала XVIII века здесь располагалось одно из воинских поселений Архангельска, непременным атрибутом которых был церковный приход.
К 1745 году Троицкая и Богоявленская церквушки изрядно обветшали, и «полковые штаб и обер-офицеры со унтер-офицеры и рядовые солдаты решили воздвигнуть каменную церковь». Через два с небольшим года здесь вырос новый храм с тремя престолами – в честь Святой Троицы, во имя Архистратига Михаила и Иоанна Предтечи. А еще через 14 лет местные служилые люди на свои личные деньги и своими силами начали строительство трёхъярусной колокольни.
В народе приход стали называть Троицкой Кузнечевской церковью, и на протяжении двух столетий он считался военным. Даже когда в 1810 году храм перешёл от командира батальона в ведение Архангельской епархии, большинством прихожан оставались служащие местного гарнизона. Здесь хранились воинские реликвии и проводились торжественные полковые церемонии.
Среди жертвователей на строительство и содержание Троицкого прихода был знатный боярин, архангельский воевода Пётр Иванович Хованский по прозвищу Большой. Несмотря на то, что он верховодил двинскими землями задолго до строительства деревянных церквей, он внёс значительный вклад в жизнь прихода, и по завещанию был похоронен у стен храма.
В советское время помещение церкви использовалось, как общежитие, мыловаренный завод, обувная фабрика, камнерезная мастерская. При этом только в конце 1950-х здание лишилось главки и барабана, а у колокольни разрушили верхний ярус.
В 1992 году полуразрушенный храм был возвращён Архангельской епархии, и через три года здесь возродилась активная приходская жизнь.
